基本公积金与补充公积金在必要性、覆盖面、缴存金额、实施流程上有不同，具体如下：
1、必要性：基本公积金只要员工与用人单位建立劳动关系就应该购买，属于强制的，必要的。补充住房公积金属于单位和员工自愿购买。
2、覆盖面：基本公积金凡在中华人民共和国境内单位都可以购买。补充公积金是足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及其所属的具有本市城镇常住户口的职工可以购买，国家机关、差额预算事业单位和社会团体不购买，不是覆盖所有企业和城市。
3、缴存金额：基本公积金规定缴纳基数为员工上一年度月平均工资，缴纳比例5到12％。补充公积金缴存基数与基本公积金一致，但职工本人和单位的补充住房公积金的缴存比例，分别不得大于各9％和少于各1％。
4、实施流程：基本公积金单位录用职工的，应当自录用之日起30日内为其购买，无需经过其他审核；购买补充公积金的单位应当先经本单位职工代表大会（外商投资企业经企业工会）讨论通过，报上级主管部门（外商投资企业报董事会）审核同意，并报市公积金管理中心备案。
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