小产权房四十年以后到期的处理方法是向土地管理部门提交续期申请书，未申请续期的由国家无偿收回。
房产权到期续费的费用是没有明确标准的，需要根据土地的性质、年限决定。土地使用者向土地管理部门提交续期申请书，除根据社会公共利益需要收回的，应当予以批准。获得批准续期的，重新签订土地有偿使用合同，支付土地有偿使用费。这样，你的房产所有权便得以延续。当然，变成危房强制拆除的除外。
土地使用者未申请续期的，土地使用权和地上房产由国家无偿收回。房屋所有权也就自然消失。土地使用者需要继续使用的，应当至迟于届满前一年申请续期，除根据社会公共利益需要收回该幅土地的，应当予以批准。
关于小产权房的介绍
小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村颁发，亦称“乡产权房”。“小产权房”不是法律概念，是人们在社会实践中形成的一种约定俗成的称谓。购房合同在国土房管局不会给予备案。
小产权房的出现与城市房价蹿升密不可分，其成为社会关注的热点亦是从房价上涨迈入快速之年的2007年开始的。按照国家的相关要求，“小产权房”不得确权发证，不受法律保护。对于发生在本乡范围内农村集体经济组织成员之间的小产权房买卖，该房屋买卖合同认定有效。
以上内容参考 百度百科-中华人民共和国城市房地产管理法
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