盐都区的历史源远流长，起源于古代的盐城县。盐城县有着深厚的历史积淀，早在商周时期，这片土地被称为“淮夷地”。春秋时期，它隶属于吴国，随后归属越国，战国时期又成为楚国的领土。汉武帝元狩四年（公元前119年），盐渎县应运而生；东晋安帝义熙七年（公元411年），更名为盐城县。北齐时期，设立了射阳郡，陈朝改为盐城郡，隋末，韦彻起义在此建立了射洲。
在明、清两朝，盐城县隶属于淮安府，直至辛亥革命后直接归入江苏省管辖。古时的盐城县地域辽阔，东至大海，南界海陵（现今东台、海安），西界安宜（今宝应），北界山阳（今淮安、阜宁）。
1933年，盐城县区域被江苏省改为盐城区，面积达到3650平方千米。1936年，盐城区又归属第六督察区。抗日战争期间，盐城县为抗日民主政府设立，1941年因战略需要，盐城县被划分为盐城、建阳（今建湖）和盐东三县，面积缩减至1320平方千米。为纪念烈士叶挺，1946年盐城县更名为叶挺县，1949年恢复原名盐城县。
自1940年开始，盐城县经历了多次行政区域调整，先后隶属于盐阜区、盐阜分区、苏皖边区第五行政区、苏中盐城行政区、专区等，直至1983年实行市管县新体制，盐城县撤销，盐城镇成立盐城市城区，其余乡镇成为盐城市郊区。1996年，盐城市郊区撤销，设立了盐都县，其名取自汉代古县“盐渎”的拼音首字母，并寓意为城之首，表达了都县的重要地位。
2004年3月，盐都县升级为盐都区，继续隶属于盐城市，现在的区域面积为1023.7平方千米，承载着丰富的历史文化底蕴。
盐都区是江苏省盐城市下辖的市辖区之一。盐都区位于盐城市区西南部，处于江苏东部、长江中下游平原，地处北纬33°20'，东经129°9'。盐都区行政中心驻盐城市盐都区新都街道，东北靠盐城市亭湖区，东南接大丰市，南接兴化市，西接宝应县。盐都区四季分明，常年主导风向东南偏东，年均降雨量900—1066毫米，年均气温15.4℃，年均最高气温19.9℃，年均最低气温11.8℃，无霜期218天。