黄芪——为豆科植物蒙古黄芪 Astragalus membranaceus （Fisch.） Bge. var. mongholicus （Bge.）Hsiao 或膜荚黄芪 Astragalus membranaceus （Fisch.） Bge.的干燥根。
红芪——为豆科植物多序岩黄芪Hedysarum polybotrys Hand.-Mazz.的干燥根。
黄芪——甘，温。归肺、脾经。
补气固表，利尿托毒，排脓，敛疮生肌。用于气虚乏力，食少便溏，中气下陷，久泻脱肛，便血崩漏，表虚自汗，气虚水肿，痈疽难溃，久溃不敛，血虚痿黄，内热消渴；慢性肾炎蛋白尿，糖尿病。
红芪——甘，温。归肺、脾经。
补气固表，利尿托毒，排脓，敛疮生肌。用于气虚乏力，食少便溏，中气下陷，久泻脱肛，便血崩漏，表虚自汗，气虚水肿，痈疽难溃，血虚萎黄，内热消渴，慢性肾炎蛋白尿，糖尿病。
综上，黄芪与红芪，在药效和主治方面，基本相同。可以互相替代。黄芪较常用，红芪使用不普遍。
物以稀为贵，红芪会稍稍贵一些。但对于入药治病而言，两者没有区别。
参考资料：————《中国药典》