港澳通行证应当在公民所在地公安局的出入境管理处或者户口所在地的分局出入境管理科进行办理。办理时要提供本人居民户口簿及复印件、居民身份证及复印件、一张小2寸半身免冠数码照片（除了照片之外其他都需要先准备好复印件）。需要注意的是，首次办理港澳通行证的必须由本人亲自办理，办理之后两周左右可以领取证件。
港澳通行证办理可以向常住户口所在地县级以上公安机关出入境管理部门申请。
例如，在广东办理港澳通行证：
窗口办理
1、申请人通过广东省公安厅出入境管理局提出申请，根据要求提交申请材料。
2、受理民警对申请人进行必要的询问，对申请材料进行审查。
如：申请表填写是否完整、清晰，符合要求；
申请人交验的相关证件、证明是否真实有效、齐全，符合要求；
提交的复印件与原件是否一致；
申请人是否具有《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第十三条规定的情形等。
3、对申请材料齐全且符合要求的，应当受理；
申请材料不齐全的，应当一次告知申请人需要补正的全部内容；
发现疑点的，受理后应及时进行核查；
申请人具有《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第十三条第（一）、（三）项规定情形的，受理后应当在审查情况中注明；
不符合本规范第四条规定的申请条件的，不予受理。
申请材料有：
1、居民身份证及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）
2、《中国公民出入境证件申请表》
3、2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。
只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
法律依据：
《前往港澳通行证签发服务指南》
九、申请材料
（一）提交《内地居民前往香港或者澳门定居申请表》；香港、澳门永久性居民子女提交香港、澳门永久性居民在内地所生中国籍子女赴香港、澳门定居申请表；
（二）提交符合《出入境证件相片照相指引》标准的申请人及港澳关系人相片，香港、澳门永久性居民子女还应提交符合《出入境证件相片照相指引》标准的内地父亲或者母亲的相片；
（三）交验申请人居民户口簿、居民身份证原件，并提交复印件。未满16周岁如未办理居民身份证的，免提交居民身份证及复印件。未满18周岁的，须提交监护人出具的同意其前往香港或者澳门定居的意见，交验居民户口簿、出生医学证明等监护关系证明、监护人居民身份证原件，并提交复印件；
（四）交验港澳关系人的香港或者澳门居民身份证、港澳居民来往内地通行证原件，并提交复印件。港澳关系人是外国籍的，应交验香港或者澳门永久性居民身份证、外国护照原件，并提交复印件；港澳关系人是无国籍人员的，应交验香港或者澳门永久性居民身份证和香港签证身份书，并提交复印件。香港、澳门永久性居民子女还应交验内地的父亲或者母亲的居民户口簿、居民身份证原件，并提交复印件；
（五）国家工作人员（包括国家机关中从事公务的人员，国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员，以及其他依照法律从事公务的人员）须提交所在工作单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的同意其前往香港或者澳门定居的意见。未实行按需申领护照地区的内地居民，还须按照有关规定出具相关证明材料；
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