一、具体内容不同
一般预算收入包括工商税收，关税，债务收入，基本建设贷款归还收入，其它收入，包括事业收入、外事服务收入、中外合资企业其它收入等。
基金预算收入划分为8类：即工业交通部门基金收入、商贸部门基金收入、文教部门基金收入、农业部门基金收入、土地有偿使用收入、其他财政税费附加收入、基金预算调拨。
二、缴纳方式不同
一般预算包括就地缴库，集中缴库以及自缴自汇。国库收到预算收入后，按照财政管理体制规定的预算级次和收入划分，将入库款项分别划解入各级国库
基金预算收入的中央基金收入由财政部各地专员办事机构就地监缴入库或由中央主管部门集中收缴入库，地方基金预算收入由地方部门收缴入库。中央与地方共享基金收入由地方收缴后按基金所属的预算级次分别解缴入库。
三、财务处理方法不同
一般预算收入该科目按“国家预算收支科目”中的一般预算收入科目设置明细账，年终结账时将该账户贷方净发生额如数转入“预算结余”科目
基金预算收入是先收后支。财政总预算会计应当在已有基金预算收入数额的范围内办理基金预算支出。基金预算收入与基金预算支出应当做到自求平衡。
四、收取的规定不同
一般预算财政收入是通过一定的形式和程序，由各级财政部门组织并纳入预算管理的各项收入。 基金预算收入是按规定收取，转入或通过当年财政安排，由财政管理并具有指定用途的政府性基金预算收入等。 一般预算财政支出是各级财政部门对集中的一般预算收入有计划地分配和 使用而安排的支出。
参考资料来源：百度百科-一般预算收入
参考资料来源：百度百科-基金预算收入
一、收入分类不同
1、一般预算收入
工商税收。包括增值税、营业税、消费税、专项调节税、个人所得税、证券交易税、遗产税、土地增值税、外商投资企业和外国企业所得税、城市维护建设税、车船使用税、房产税、屠宰税、资源税、印花税等；
关税；农牧业税和耕地占用税；企业所得税；国有企业上缴利润；国有企业计划亏损补贴；
债务收入，包括中央政府和地方政府向外国政府或国际组织借款收入、国库券收入等；基本建设贷款归还收入；
其它收入，包括事业收入、外事服务收入、中外合资企业其它收入等；
预算调剂收入，包括税收返还收入、上年结余收入、调入资金等；
企业所得税退税，指企业按“先征后退”政策所退的所得税；罚没收入；行政性收费收入。
2、基金预算收入划分为8类：即工业交通部门基金收入、商贸部门基金收入、文教部门基金收入、农业部门基金收入、土地有偿使用收入、其他财政税费附加收入、基金预算调拨。
二、缴库方式不同
1、一般预算包括
就地缴库。由基层缴库单位（缴款人）按征收机关规定的缴款期限，直接向当地国库或国库经收处缴纳；
集中缴库。由基层缴款单位将应缴的预算收入通过银行汇解到上级主管部门，由主管部门汇总后按征收机关规定的缴款期限向国库或国库经收处缴纳；
自缴自汇。由缴款单位直接向基层税务机关、海关缴纳税款，由税务机关、海关将所收的款项汇总缴国库或国库经收处。国库收到预算收入后，按照财政管理体制规定的预算级次和收入划分，将入库款项分别划解入各级国库
2、基金预算收入按预算级次划分为中央基金预算收入、地方基金预算收入和中央与地方共享基金收入。中央基金收入由财政部各地专员办事机构就地监缴入库或由中央主管部门集中收缴入库;地方基金预算收入由地方部门收缴入库;中央与地方共享基金收入由地方收缴后按基金所属的预算级次分别解缴入库
三、核算方法不同
1、一般预算收入该科目按“国家预算收支科目”中的一般预算收入科目设置明细账。根据国库报来的预算收入日报表所列当日预算收入记入该科目贷方，若当日收入为负数，则以红字反映，年终结账时将该账户贷方净发生额如数转入“预算结余”科目
2、基金预算收入
先收后支。财政总预算会计应当在已有基金预算收入数额的范围内办理基金预算支出。基金预算收入与基金预算支出应当做到自求平衡。
专款专用。各项基金预算需要分别管理，分别平衡，也就是相应的基金预算收入应当用于相应的基金预算支出，各项基金预算收入与基金预算支出之间不能相互调剂。
分项核算。财政总预算会计应当按政府预算收支科目中的基金预算收支科目设置相应的明细账，分项核算各项目基金预算收入、支出和结余情况，不能相互混淆。
参考资料来源：百度百科—一般预算收入