按照生物技术应用的生产部门的不同，生物技术可分农业生物技术、环境生物技术、医学生物技术、公安生物技术等多个方面，其中农业生物技术又可分为植物生物技术、动物生物技术和微生物生物技术。
根据操作的对象及技术的不同，生物技术可分为细胞工程、基因工程、蛋白质工程、发酵工程和酶工程。细胞工程（cellengineering）是应用细胞生物学和分子生物学的原理、方法和技术，按人们的设计，有计划、大规模地培养某一物种的组织或细胞，以获得该生物的产品，或改变细胞的遗传特性以产生新的物种或品系；基因工程（geneengineering），又叫基因操作、重组DNA技术，是把生物有机体的DNA分离提取出来，在体外进行酶切和拼接，构成重组DNA分子，然后转化到受体细胞，使外源基因在受体细胞增殖表达；蛋白质工程（proteinengineering）是根据蛋白质的结构和生物活性之间的关系，利用基因工程的手段，按照人类的需要定向地改造天然蛋白质或设计制造新的蛋白质；发酵工程（fermentationengineering）是利用微生物生长速度快、生长条件简单以及代谢过程特殊等特点，在合适条件下，通过现代工程技术手段，由微生物的某种特定功能生产出人类所需的产品，有时也称微生物工程；酶工程（enzymeengineering）是利用酶、细胞器或细胞所具有的特异催化功能，或对酶进行修饰改造，并借助生物反应器和工艺过程来生产人类所需产品的一项新技术。应该指出，上述5项技术并不是各自独立的，它们彼此之间是互相联系、互相渗透的。
其中的基因工程技术是核心技术，它能带动其他技术的发展，比如通过基因工程对细菌或细胞改造后获得的“工程菌”或细胞，都必须分别通过发酵工程或细胞工程来生产有用的物质；
又如，通过基因工程技术对酶进行改造以增加酶的产量、酶的稳定性以及提高酶的催化效率等。