随着合作社生产经营的集中，风险也相对集中。这对依托弱质产业的农民专业合作社本身来说，生产自救资金短缺，抵御风险特别是抵御自然风险的能力就显得相对脆弱。因此，如何规避农业生产风险，转嫁风险可能导致的经营损失，就成了广大合作社迫切需要解决的问题。2012年11月份，《农业保险条例》（以下简称《条例》）正式颁布，明确了农业保险是指保险机构根据农业保险合同，对被保险人在种植业、林业、畜牧业和渔业生产中因保险标的遭受约定的自然灾害、意外事故、疫病、疾病等保险事故所造成的财产损失，承担赔偿保险金责任的保险活动。《条例》还明确指出保险机构包括保险公司以及依法设立的农业互助保险等保险组织。
目前，已经开办的农业保险主要险种有：农产品保险，生猪保险，牲畜保险，奶牛保险，耕牛保险，山羊保险，养鱼保险，养鹿、养鸭、养鸡等保险，对虾、蚌珍珠等保险，家禽综合保险，水稻、油菜、蔬菜保险，稻麦场、森林火灾保险，烤烟种植、西瓜雹灾、香梨收获、小麦冻害、棉花种植、棉田地膜覆盖雹灾等保险，苹果、鸭梨、烤烟保险等等。一些农业保险公司专门为合作社制定了投保制度。例如，上海某农业保险公司作为国内第一家成立的专业农业保险公司，就在这方面做出了突出的探索。该公司在充分调研后，提出在农业保险已实施的四大险种基本保险基础上，对合作社同步实行基本保险与补充保险的运行机制，并将这一信息迅速传递到各区县合作社进行宣传。凡经上海市工商部门注册登记的合作社，其合作社生产的农产品属于本市农业保险政策补贴范围的险种，可按合作社组织形式，享受本市基本保险与补充保险的政策，即水稻、生猪、家禽、奶牛按应缴保费的35%给予基本保险投保；蔬菜、淡水养殖、林木（果林）、小麦、西甜瓜在参加补充保险的基础上按应缴保费的30%给予保费补贴。同时，合作社在投保补充保险时，只要自交保费达到应交保费的50%以上（含50%），即可享受财政的保费补贴。发生保险损失，还可以得到在保险金额范围内实际损失的70%的经济补偿。上海市一些经济条件较好的区县还另外对农民自交的补充保险给予20%～30%的财政补贴，从而调动了合作社投保积极性。目前上海市合作社投保率已近45%。
以上海某公司为例，保险承保流程为：
理赔流程为：
需提交的索赔材料（以种养两业保险为例）：①出险通知书；②索赔申请书；③损失清单；④保单（正本）、批单、保险费发票复印件、个人身份证复印件；⑤出险原因证明（水产技术部门疫病认定报告、自然灾害气象证明、供电部门证明、疫病诊断报告、两病检测报告、扑杀令、移送单、接收单、称重单、农技部门出具的病虫害报告等证明材料）。