在数据采集过程中采用了统一的建库标准，对入库的数据库在数据录入格式的规范性及各数据表的逻辑性等方面进行检查。同时，明确各级建库单位在质量控制中的职责。
3.3.3.1 保管单位的质量控制
（1）钻孔信息数据源质量控制
钻孔资料保管单位在钻孔基本信息清查过程中，一是对现有成果地质资料和原始地质资料全面清查到位；二是对有钻探工作量的地质工作项目要认真查阅，对项目所施工钻孔不遗漏、不重复填报；三是对钻孔信息数据如坐标系、孔口坐标进行核实。确保钻孔信息数据源的质量满足本次清查工作要求。
（2）数据采集入库质量控制
在数据采集过程中，工作人员严格按照《钻孔基本信息清查工作指南》的要求，逐张逐项填写钻孔清查工作表，并由复核人员进行逐项复核检查，消除工作表填写格式、内容、数据等的遗漏、错误现象。
（3）自查和互查
工作人员对自己承担的钻孔信息数据采集工作进行100%自查，工作人员之间进行70%以上的互查，自查和互查中重点针对钻孔编号、孔口坐标等容易出错的必填信息进行反复核实，确保上报信息的准确性。
（4）数据库成果质量控制
经数据采集再录入“地质钻孔基本信息数据采集系统”后，生成最终的成果——ACCESS数据库文件。数据库成果生成过程中，利用“数据报表功能”生成钻孔基本信息报表，利用“数据备份”功能，生成汇总的ACCESS数据库文件，刻盘上报。工作方法和工作程序均要符合质量控制要求。
钻孔资料保管单位应积极配合技术支撑单位的检查督导工作，并通过以上质量控制措施，为最后的省级验收与汇总、全国验收与汇总提供高质量的数据保障。
3.3.3.2 省级国土资源主管部门、技术支撑单位的质量控制
（1）检查督导
各省（区、市）国土资源主管部门、技术支撑单位应及时组织开展检查督导工作，做好相应的检查记录，确保钻孔基本信息清查工作规范进行、实施到位。
（2）审核验收
各省（区、市）技术支撑单位应根据清查工作要求，针对数据采集、录入和汇总上报等环节，做好清查数据的审核验收工作，逐级做好数据质量控制工作。技术支撑单位检查钻孔资料保管单位上报数据的正确性，错误率应低于0.3%。
（3）审验数据
各省（区、市）技术支撑单位检查钻孔基本信息清查表填写的规范性和完整性；检查表内数据的一致性；根据已掌握的相关资料，检查数据的来源和依据，分析数据的可靠性。对于审核未通过的清查表，应退回重报。对钻孔数据的关键字段，如组织机构代码、项目名称、原始资料档号、钻孔编号应100%检查；对有逻辑关系的字段应进行逻辑关系的检查，如项目结束时间与终孔时间等；对进行统计分析的字段应进行100%检查，如勘查资质、所属行业、工作程度、矿种、钻孔类型、钻孔深度、钻孔资料状况等。
（4）抽查
各省（区、市）技术支撑单位应根据清查数据成果上报情况，组织做好清查数据质量的抽查工作，及时进行数据质量的复核。对钻孔基本信息成果抽取15%比例的钻孔资料对照原始地质资料进行检查，主要检查填写的完整性、正确性，如有问题，要求钻孔基本信息填报单位按要求及时修改、上报。
3.3.3.3 国土资源实物地质资料中心的质量控制
国土资源实物地质资料中心按照国土资源部要求除了在《钻孔基本信息清查工作指南》和“地质钻孔基本信息数据采集系统”中对清查工作和清查数据提出质量控制措施外，还对各省（区、市）上报的钻孔基本信息清查成果进行质量检查，检查内容主要包括：
1）对地矿、有色、冶金、煤炭、化工、建材、黄金等工业部门名称进行全面复核。经严格检查确认后，对不正确的行业部门名称进行修正。
2）对数据项填写内容进行规范化同一方式表述，如统一计量单位、规范地质术语、检查数据项的整齐性、校对文字的错漏等。
3）数据表的逻辑关系纠正。
4）钻孔坐标系、坐标带号、坐标值检查等。
5）对各省（区、市）提交的信息完整的钻孔高斯坐标进行经纬度转换工作。