关键的区别在于，
拉马克的学说必须依赖“获得性可遗传”这个假设。
拉马克认为一个生物体出生以后获得的那些性状可以遗传给它的后代，比如有的器官用得多，变得比较发达，有的器官用得少，逐渐退化，这些变化都会被后代继承下来，经过许多代的积累，物种就发生了显著的改变，成为新物种。
达尔文的学说不承认获得性遗传，只有一个生物的先天变异才可以遗传给它的后代。先天的变异是完全随机的，什么样的都有，出生之后被生存环境筛选，适应环境的变异就容易存活，不适应环境的就比较难存活，经过许多代繁衍，不容易存活的就越来越少，最后消失，容易存活的那些逐渐成为主导物种，新物种就诞生了。
以
长颈鹿为例，拉马克主义者和达尔文主义者都承认长颈鹿的祖先是短颈的。不同之处在于，拉马克主义者认为，脖子变长是因为长颈鹿的祖先经常伸长脖子去吃高处的树叶，脖子的肌肉骨骼都变得发达，那么后代的脖子也会一代比一代发达，最后变成了长颈鹿。而达尔文主义者认为，长颈鹿的祖先生下的后代有的脖子长，有的脖子短，脖子长的后代容易吃到高处的树叶，可以避免跟那些吃低处树叶和地上草叶的生物争抢食物，所以生存下来的几率比脖子短的兄弟姐妹们略大一些，因此每一代长脖子所占比例都在提高，最后整个物种都成了长脖子。
获得性遗传很早就被实验否定了，把老鼠尾巴剪掉，生下的后代并不会是短尾巴老鼠。拉马克的学说失去了基础，很快就被抛弃。