首先，毛巾的主要成分棉纤维是管状结构，含有中空的胞腔，可以储存水分，而潮湿正是细菌存活最重要的条件。
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其次，毛巾常常被放在温湿的卫生间里，通风、透气性较差，缺乏阳光直射，适合细菌生长。还有人喜欢把毛巾沾湿了用，也给细菌提供温床。
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再次，人体皮肤上的油脂、灰尘、皮屑、螨虫、汗液等污垢都将堆积在毛巾上，如果缺乏定期清洁、更换，甚至“无限期”使用，就会导致细菌成倍繁殖。
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最后，家庭成员共同使用一条毛巾，或者洗脸、洗澡等用同一条毛巾，都容易导致交叉感染。上述原因导致毛巾上附着的细菌数量巨大，特别对免疫力低下的人群、老年人及儿童，毛巾甚至是最危险的感染传播媒介之一。
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注意事项
浙江纺织服装职业技术学院家纺专业教授杜群提醒，选购毛巾首先要查看产品标识，包括产品的执行标准、等级、原料成分、产品安全标准等。如果具备这些标识，再通过直观简易的方法判断毛巾质量。中国家纺协会副秘书长李杰给出了选购好毛巾“三部曲”。一要看，主要是看毛圈是否平整、均匀。如果毛圈较高，符合国家标准，吸水性就有了保障。二要摸，手感柔软蓬松的毛巾较好。杜群补充，好的毛巾握于拳内松软而有弹性，拍打无棉绒脱落。手感湿滑的可能附着拒水柔软剂，吸水性差，甚至水洗后变硬。三要闻，没有异味，才说明染料是健康环保的。杜群解释，有化学味道的可能使用了劣质染料或漂洗不彻底，产品不安全；有霉味的可能存放时间过长或存放不当，使用寿命低；有灰尘味、汽油味等异味的可能受到了污染，会危害健康。有条件的还可以做吸水实验：品质好的毛巾如果滴上水滴，能迅速吸收，而劣质毛巾擦在脸上会滑溜溜的，不吸水。
中国家纺协会毛巾专业委员会执行主任石昌佳指出，使用毛巾有三大原则：一人一条不共用，不同部位分开用，勤换勤洗勤消毒。具体来说：一，要养成毛巾干用的习惯，用后及时晾晒；二，要杜绝“多人一巾”和“一巾多用”，尤其是成人和孩子不能共用一条毛巾；三，要3个月淘汰一次毛巾；四，要养成勤洗勤晒的习惯，选择中性洗涤剂，定期消毒灭菌处理。灭菌可选用3种方案：1.微波炉消毒，菌落数消灭率达98%以上。将清洗后的毛巾放入微波炉专用保鲜盒，微波3~5分钟，即可完成杀菌。2.中性洗涤剂消毒，毛巾能保持柔软。3.高温消毒，用沸水煮5分钟或高压锅蒸10~15分钟，但此法会影响毛巾的色牢度和硬度，不建议经常使用。