1935年，北京局势日益危急，为防止突发的不利情况，清华大学秘密预备将学校转移至长沙，拨款在岳麓山山下的左家垅（今址为中南大学）动工修建校舍。
1937年7月7日卢沟桥事变后，南京国民政府在庐山召开了一系列会议、讨论战局问题。北京大学、清华大学和南开大学三校校长，会后并未立即返回京津，暂时留在南京和上海。
8月28日，国民政府教育部分别授函南开大学校长张伯苓、清华大学校长梅贻琦和北京大学校长蒋梦麟，指定三人分任长沙临时大学筹备委员会委员，三校在长沙合并组成长沙临时大学。
9月10日，教育部第16696号令正式宣布建立国立长沙临时大学。10月，1600多名来自三校的师生经过长途跋涉陆续到达长沙。10月25日，国立长沙临时大学正式开学，校本部位于长沙城东的韭菜园，主要租借圣经学院和涵德女校。
1937年11月1日，国立长沙临时大学正式上课，这一天，后来定为国立西南联合大学的校庆日。临时大学综合了清华、北大、南开原有的院系设置，设17个学系。截至到11月20日，在校学生共有1452人，其中清华学生631人、北大学生342人、南开学生147人，新招学生114人、借读生218人；教职员共有148人，其中清华73人。
至1938年初，战势进一步吃紧，长沙岌岌可危，1月20日举行的校第43次常委会，作出即日开始放寒假，下学期在昆明上课的决议，并且规定师生3月15日前在昆明报到。
2月中旬，长沙临大开始迁徙昆明。2月19日，师生在圣经学院（为临大所租借的教学楼）召开誓师大会，开始搬迁过程，女同学和体弱男同学由粤汉铁路到广州经香港、越南入滇，一部分沿湘桂公路到桂林经柳州、南宁、越南入滇，男同学200余人则组织了湘黔滇旅行团，行程3200多里，历时68天，横穿湘黔滇三省。
4月2日，教育部发电命令国立长沙临时大学，改称为国立西南联合大学（The National Southwest Associated University），设文、理、工、法商、师范5个院26个系，两个专修科，一个选修班。
5月4日，国立西南联合大学正式开课。6月8日，关防到校，7月1日正式启用，学校不再称“临时”，表明抗战的长期性。
1945年8月15日，法西斯日本宣布投降，抗日战争结束。
1946年5月4日，国立西南联合大学举行结业典礼，7月31日宣布结束，北京大学、清华大学、南开大学迁回原址，师范学院留昆独立设置，改称国立昆明师范学院1984年更名为云南师范大学至今。
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