新疆二本大学有：
01新疆农业大学
新疆农业大学是一所农林类二本院校，位于新疆乌鲁木齐，是新中国成立后新疆建立的第一所本科院校。学校固定资产12.33亿元，教学科研仪器价值2.68亿元，校舍总建筑面积65.47万㎡。学校设有7个博士后科研流动站、8个一级学科博士学位授权点、17个一级学科硕士学位授权点、7个专业学位硕士授权点，59个本科专业，分布在农、理、工、经、管、文、法等7个学科门类中。新疆农业大学园艺、水利水电工程、农业资源与环境、种子科学与工程、动物科学、农学、草业科学等专业是国家级特色专业。在第四轮学科评估中，新疆农业大学的草学被评为B，水利工程被评为C+，畜牧学和农林经济管理被评为C，草业科学是国家级重点学科，水利水电工程是国家重点(培育)学科。新疆农业大学在2022年全国招生中排名第342位，是一所区域高水平大学。
02塔里木大学
塔里木大学是新疆维吾尔自治区阿拉尔市的一所公办大学，创建于1958年，2003年获得硕士学位授予权，2004年5月经教育部批准更名为塔里木大学。该校以农科为优势，以生命科学为特色，农、理、工、医、文、管、经、法、教育、艺术、历史等多学科协调发展。塔里木大学是中央和新疆生产建设兵团共建的高水平大学，也是地方本科院校。其农业类学科实力非常不错，在全国多个省份基本上属于本科二批招生，属于地方二本院校。作为一所地方本科院校，塔里木大学的农业类学科实力还是非常不错的，在全国多个省份基本上属于本科二批招生，对于想要学习农业类专业的二本考生来讲，塔里木大学还是值得选择的。
03昌吉学院
昌吉学院是位于新疆维吾尔自治区昌吉市的区属普通高等学校，成立于1959年，共有73个专业，其中33个专业是高职专业，40个本科专业。学校与山东大学、陕西师范大学、吉林大学、厦门大学、北京林业大学、兰州大学、中国石油大学(华东)建立了长期对口支援关系，并与山东大学、陕西师范大学、厦门大学联合培养本科生及研究生。昌吉学院是一所综合类的公立大学，占地面积为1209亩，现有世纪大道校区和北京路校区两个校区。