上海市中医医院的失眠症特色专科由著名老中医王翘楚教授在1988年创立，随后发展成为医疗协作中心。经过近30年的建设，特别是实施“三年建设计划”，该专科在中医治疗失眠症领域取得了显著成就，形成了独特的诊疗常规，并在2005年成立了全国首个中医睡眠疾病研究所。该专科以“天人相应”和阴阳理论为基础，采用“从肝论治”的方法，治疗包括失眠在内的多种疾病，如精神抑郁症、焦虑症等，并结合中医养生和心理咨询，疗效显著。
在红斑狼疮特色专科方面，上海市中医医院以名医沈丕安教授为核心，致力于该疾病的临床和科研工作。该专科特色在于以阴虚内热为治疗根本，提出养阴清热的原则，并筛选出对红斑狼疮有积极作用的中药，针对不同阶段的患者制定个性化治疗方案。与现代医学方法相比，该专科的中西医结合疗法在减少副作用的同时，提高了患者的生存率和生活质量。目前，专科承担了多项科研课题。
上海市中医医院创建于1954年，是一所中医特色浓厚、临床科室齐全、医学人才汇聚，集医、教、研为一体的三级甲等综合性中医医院，是上海中医药大学 （非直属）附属医院。医院位于芷江中路274号， 医院在静安区石门一路67弄1号设有门诊部（原上海市中医门诊部）。