二者各有各的特点，评价好与不好和个人的观点和角度不同，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校历史不同
1、齐齐哈尔医学院
齐齐哈尔医学院创建于1946年，最初为“黑龙江军区军医学校”。历经“黑龙江省卫生学校”、“黑龙江省医士学校”、“齐齐哈尔医士学校”及“齐齐哈尔医学专科学校”等主要发展阶段，1986年升格为“齐齐哈尔医学院”。
2、牡丹江医学院
学校创建于1958年，历经了牡丹江医学院（1958—1962年）、牡丹江卫生学校（1962—1978年）、牡丹江医学专科学校（1978—1986年）、牡丹江医学院（1986年—）等历史时期，2013年获得硕士学位授予权。
二、学校规模不同
1、齐齐哈尔医学院
截至2020年，校园规划占地面积约110万平方米，建筑面积27万平方米。现有教职工5752人，其中副高职以上人员1115人，现有普教、成教、留学生等各类在校生14186人。
2、牡丹江医学院
截至2020年，学校占地面积77万平方米，建筑面积34.13万平方米，共有教职工2460人，全日制硕士研究生、本科生10625人，开设10个学院、20个本科专业。
三、院系设置不同
1、齐齐哈尔医学院
基础医学院、精神卫生学院、公共卫生学院、医学技术学院、药学院、社科部、体育部和外语部等21个教学机构。
2、牡丹江医学院
基础医学院、第一临床医学院、医学影像学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、卫生管理学院等10个学院。
四、学校特色不同
1、齐齐哈尔医学院
黑龙江省特色应用型本科高校、卓越医生教育培养计划。
2、牡丹江医学院
省属普通本科院校、黑龙江省特色应用型本科高校建设单位（2010年）、中国全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校（2012年）。
五、主要奖项不同
1、齐齐哈尔医学院
黑龙江省科技进步二等奖、三等奖、黑龙江省规划办“十一五”教育科研先进集体、黑龙江省高校科学技术奖、全国精神文明单位。
2、牡丹江医学院
国家技术发明二等奖1项（据2018年6月学校官网显示）。
参考资料来源：百度百科-齐齐哈尔医学院
参考资料来源：百度百科-牡丹江医学院
牡丹江医学院是影像学不较好
要学口腔就的上佳木斯大学
其实三所学校的师资是差不多的
只有齐齐哈尔医学院是新校舍！本回答被提问者采纳