建国初期，黄埔仍属番禺县管辖。1949年10月，番禺县设联乡办事处。1950年5月，该县设8区、1个区级镇、50乡。其中，黄埔地区的彬社乡属三区，黄村乡属四区，横沙乡、南岗乡、七社乡属五区。
1951年，广州市调整行政区域，黄埔划为广州市管辖。是年12月，黄埔第一次建区。1953年1月，黄埔区人民政府成立，管辖16个乡、2个镇和45个自然村。
1954年6月12日，广州市人民委员会将新区的新洲镇、官洲乡、黄埔乡划入黄埔区，至此，黄埔区属下有18个乡、3个镇、1个办事处。1960年，全国实行城市公社化。1960年5月23日，中共广州市委决定成立黄埔人民公社（区），这是黄埔第二次建区。同年7月6日，黄埔人民公社改为黄埔区人民委员会。到1961年6月下辖10个人民公社，其中工矿人民公社6个，农村人民公社4个。1961年7月，中共黄埔区委调整城市人民公社，撤销6个工矿人民公社，恢复圩镇办事处机构。6个工矿人民公社调整为东圃、港湾、南岗、萝岗圩镇办事处机构。
1961年8月，中共广州市委对市区和郊区区域进行调整，将原东山区管辖的五山街办事处和沙河、龙洞、石牌人民公社划归黄埔区管辖，至此，黄埔区共有5个办事处机构和7个农村人民公社。
1973年2月，黄埔第三次建区。至1977年3月，黄埔区管辖2个人民公社、2街1镇。
1979年12月，中共广州市黄埔区第一届委员会成立。1980年7月，广州市黄埔区人民代表大会常务委员会和广州市黄埔区人民政府成立。1986年1月，鱼珠街成立。1987年底，黄埔区下辖3镇、3街。1989年1月7日，夏港街成立。至此，黄埔区下辖3镇、4街。
截至2007年底，黄埔区辖9个街道：黄埔街道、红山街道、鱼珠街道、大沙街道、文冲街道、穗东街道、南岗街道、荔联街道、长洲街道。
2014年2月12日，省政府将《国务院关于同意广东省调整广州市部分行政区划的批复》转发至广州市人民政府。国务院同意撤销广州市黄埔区、萝岗区，设立新的广州市黄埔区 ，以原黄埔区、萝岗区的行政区域为新的黄埔区的行政区域，黄埔区人民政府驻萝岗街道香雪三路1号。
现辖14个街道、1个镇：萝岗街道、夏港街道、联和街道、东区街道、永和街道、黄埔街道、红山街道、鱼珠街道、大沙街道、文冲街道、南岗街道、荔联街道、穗东街道、长洲街道、九龙镇。
