1949年新中国成立后，由中国人民解放军公安部队担任边防检查任务，归各省公安厅边防局领导。
1952年1月，边防系统划归军队建制，列入大行政区公安部队所属公安师序列，接受领导。
1955年组建公安军后，边防检查站、边防团列入公安军序列。
1957年撤销公安军后，边防检查站、边防团列入中国人民解放军公安部队序列，由省军区兼省公安部队司令部领导。
1959年1月，公安部队撤销，集体转业改为地方职业制民警，边防检查站列入各省、自治区、直辖市公安厅（局）人民武装警察总队建制。公安部队中负责苏、中蒙、中越边境、沿海内湾和对外开放口岸的边防部队9000人（均属于非边防战斗任务单位）转业为地方公安机关所属的职业制人民武装警察。
1961年底，地方公安机关所属的人民武装警察部队恢复组建现役制的垂直管理的中国人民武装警察部队。
1963年初，中国人民武装警察部队改称中国人民公安部队。边防检查站列入中国人民公安部队序列。
1966年，公安部队番号撤销，其所属建制和任务全部移交人民解放军，边防检查站隶属由各公安总队改编的各省军区独立步兵师建制。（北京边防检查站隶属北京卫戍区警卫二师司令部领导）。
1973年9月全国边防改制为人民武装警察，保留现役制，归各级公安机关管理、领导。边防检查站改为地方人民警察建制。
1974年12月，边防检查站恢复实行现役制，人员由人民警察转为人民武装警察，隶属省公安局边防局领导。（当时不称省公安厅）
1983年全国边防部队划归各武警总队建制。
1987年，边防武警从武警总队中分离，划归各级公安机关领导。
1994年1月，重要城市边防检查站升格为副师级建制，改称边防检查总站。
1998年1月1日，根据《国务院关于北京等九城市实行边防检查职业化改革试点方案的批复》（国函〔1997〕76号），北京、上海、天津、海口、深圳、珠海、厦门、汕头、广州的边防检查工作改编为职业制人民警察，分别设立副厅级的边防检查总站，归公安部出入境管理局垂直领导。
2001年4月，中组部、中央政法委、公安部党委联合下发《关于改进公安武警边防部队领导管理体制的通知》，公安武警边防部队领导管理体制改为“双重领导，条块结合，以条为主”的原则，将过去的“分级管理，分级指挥”调整为公安部对公安武警边防部队的“统一领导管理”与地方党委政府通过各级公安部门按规定权限对武警边防部队的“分级指挥”相结合，以“条条”为主的集中统一领导的垂直体制。这是鉴于长期以来公安武警边防部队重使用，轻建设，部队领导管理缺乏集中统一，管理松散，作风松懈，纪律松弛，1993年来连续发生山东威海、辽宁丹东、广东湛江、东莞等地边防支队参与走私护私的大要案件，1999年海南海警二支队“11.9”沉船重大伤亡事件 ，2000年吉林“4.26”盗枪案件，都反映出领导和管理上真空。反映出执勤执法上的不规范、不统一。
