蜜柚是一种常绿果树，对肥料的需求很大。蜜柚一般一年要拍3-4次，果实多，落果多，挂果期长，一般5个月左右。因此，根据蜜柚的生长特点，进行合理科学的施肥，培育健壮的果树，是实现蜜柚优质高产的关键。春苗出芽前10~15天，以速效氮磷肥为主，对于前一年果实少树壮的树可减少施用量，防止春苗生长过快，生长过度，营养生长与生殖生长失去平衡。生物刺激剂(根施型)+高氮或平衡复合肥300倍溶液即可湿透。
根据树势和花量施肥。蜜柚花量大，消耗大量营养。开花后，叶片中的氮含量是全年最低的，这往往会导致叶片变白。因此，对于花量大、树势弱的柑橘，在落花时施用稳果肥可以显著提高坐果率。花多的要在落花初期施肥，花少的可以在落花后期施，主要是施含氮量高的速效肥和农家肥。如果树很壮，花很少，就不要施肥，以免落花落果。在秋梢发芽前10~15天施用。目的是加速果实膨大，促进秋梢整齐、旺盛。有机肥应以化肥为主。建议在滴灌线周围的沟渠下施用腐熟有机肥+平衡或高钾复合肥+中微量元素肥料。对于树势较弱，根系受损，环切口愈合不完全者，可在受精后一次性湿透海精灵生物兴奋剂(根施型)，适当延缓树势。
果实多的植物应在摘果前施入，果实少的应在摘果后施入。主要使用农家肥等晚效肥料，结合速效化肥和菌肥。通常采用带状沟施。对于难以开沟施肥的老果园，可采用钻地法。施肥时注意顺序，先施腐熟的有机肥和生物菌肥，再施化肥，避免与根系直接接触。蜜柚留花留果，枝梢老了，根系长势不好，果实过多导致暂时性脱肥，树势衰弱时，除了土壤施肥外，还应结合叶面追肥。喷施褐藻胶、氨基酸、腐殖酸、硼、磷酸二氢钾等叶面肥，有助于恢复树势，防止异常黄叶和落叶，提高抗冻性，保护结果母枝，补充花芽分化养分，进而进行化学清园。
春梢开花期，柚子消耗大量养分，氮肥和微量元素应是主要肥料。氮肥和微量元素有利于提高光合作用，促进营养生长。这时，施用氮肥和微量元素可以加速葡萄柚枝叶的增厚。随着叶片的增大，葡萄柚的生长激素含量、光合作用效率、光合作用以及蛋白质、叶绿素和各种酶的含量都可以增加，可以使叶片快速变绿，快速积累营养，提高最终坐果率。此时，根据树木的产量、生长和营养丰富程度，每棵树埋0.5-1公斤尿素或1.5公斤碳酸氢铵，每20-30天一次，一般施2-3次，多元素叶面肥喷施4-5次，高氮肥花期前2-3次，高钾肥花期后1-2次。确定果实膨大期。这时葡萄柚坐好后，施肥应以高钾、高钙、中镁为主。钙肥是细胞壁的成分，钙是细胞膜和果胶的成分，在葡萄柚中物质的运输中起着重要作用。保护细胞膜的稳定性和细胞内酶活性的调节，增加一些酶的活性，中和柚子中的有机酸，提高柚子的品质，增加单果重。