日本幕府是日本古代的一种政府机构，最高权力者成为幕府将军，掌握实权。幕府制度的时间大致是从1185--1867，经历三个时代，分别是镰仓幕府，室町幕府，江户幕府。
镰仓幕府由武士源赖朝建立，以将军为核心，实行独裁统治，架空了天皇。1199年源赖朝死后，外戚掌控幕府。1232年，北条氏公布了《贞永式目》，后来成为日本的全国性法律。后来由于贫富差距拉大，社会矛盾尖锐，镰仓幕府被足利尊氏推翻，由天皇亲政。
镰仓幕府被推翻后，足利尊氏觉得没有获得期望的利益，于是起兵攻陷了京都，立光明天皇为傀儡，在京都开设幕府。第三代将军足利义满在京都的室町建成幕府作为新址。这就是室町幕府，这时的幕府权力核心掌握在大名手里，将军的力量被削弱。到了足利义政时期，国内矛盾大爆发，室町幕府进入战国时代。
后来织田信长的势力壮大，击败了其他割据势力，灭掉了武田信玄等名将。织田信长死后，丰臣秀吉统一了日本，但是并没有开设幕府，他死后，德川家康于1603年在江户开设幕府，这就是江户幕府。江户幕府的核心依然是大名，大名实际上是各个藩国的统治者，具有很强的独立性。
日本历史上的幕府与中国史上的幕府涵义完全不同，是所谓“武家政权”的代名词。武士、富士山和樱花是日本的三大象征。武士阶层出现于日本平安时代中后期，是随着王权衰落、盗贼横行及豪强兼并的社会现象而产生。尤其在天皇政府连续发动的旨在征服虾夷部落的战争中，大批的武士立有战功，逐渐取得了相应的社会地位，当武士集团与一些野心贵族相结合，其对政权的染指已是箭在弦上了。
在日本史上，曾先后出现过五个武家政权，其中有三个其首领取得了“征夷大将军”称号，即被后世史家称之为幕府政权。
按照存在的时间顺序，名称分别为镰仓幕府、室町幕府和江户幕府，（不包括之前的平家和战国时期的织丰政权）。由于篇幅所限，这里分别简要介绍如下：