北仑区食品药品监督管理局为了更好地履行职责，设定了以下四个关键科室：
1. 综合科（挂行政审批科牌子）: 负责全局的日常行政事务协调，包括文秘、会务、机要、档案管理、信息保密、保卫工作以及信访、政务公开和后勤支持等。它还负责处理人大代表建议和政协提案，建立内部规章制度，管理机构编制、人事、党群、教育培训、劳动工资、队伍建设、纪检监察和退休人员服务。此外，该科室还负责局内干部的考核、任免、调动、奖惩等人事管理工作，并负责机关和直属单位的国有资产和财务管理。
2. 食品安全协调监察科: 执行和监督国家、省、市食品监管法规，组织协调食品安全事故调查处理，推动食品安全风险监测与评价体系的建设。他们负责食品安全检验检测，制定并监督食品安全信息的分析、预测和发布方法，定期向社会公开综合信息，同时承担区食品药品安全委员会办公室的日常工作。
3. 餐饮服务保化监管科: 主要负责餐饮服务食品安全监管，确保遵守相关管理标准和规范。该科进行食品安全状况调查和风险监测，制定监督抽样检验计划，并参与重大活动的餐饮服务食品安全保障工作。同时，它也负责保健食品和化妆品的监督管理，监督实施法定标准和质量管理规范。
4. 药品医疗器械监管科: 负责药品、医疗器械的日常监督，包括研制、生产、经营和使用的监管，确保实施药品和医疗器械的生产质量管理规范。该科负责处方药和非处方药分类管理工作，医疗机构药品质量监管，以及药品流通领域的在线监控。对于医疗器械，他们监督法定标准和产品分类管理目录，确保医疗器械生产质量，医疗机构使用医疗器械的质量监管，指导药品和医疗器械不良事件监测。