免予刑事处罚和不起诉的主要区别有：
1、性质不同：免予刑事处罚是针对的对象是已经构成犯罪，但犯罪情节轻微不需要判处刑罚的人;不起诉的对象则包括不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑、犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的人。
2、作出机关不同：免予刑事处罚由法院作出，而不起诉决定则由检察院作出。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》第三十七条：对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条：人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百六十八条：具有下列情形之一，不能确定犯罪嫌疑人构成犯罪和需要追究刑事责任的，属于证据不足，不符合起诉条件：
（一）犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；
（二）据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；
（三）据以定罪的证据之间、证据与案件事实之间的矛盾不能合理排除的；
（四）根据证据得出的结论具有其他可能性，不能排除合理怀疑的；
（五）根据证据认定案件事实不符合逻辑和经验法则，得出的结论明显不符合常理的。
《人民检察院刑事诉讼规则》第三百七十条：人民检察院对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，经检察长批准，可以作出不起诉决定。