流感潜伏期较短，起病急骤，以全身中毒症状为主。呼吸道症状较轻或不明显。流感的潜伏期从数小时到4天不等，大多为1—3天。
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单纯型流感又称典型流感，为最常见的流感类型。症状包括头痛，骤起畏寒、发热，体温在病后数小时至24小时内可达39℃一40℃，并伴有腰背及四肢酸痛、乏力、食欲减退等全身性症状，以及鼻塞、流涕、咽痛、干咳等上呼吸道症状。高热持续2—4天，体温下降后全身症状好转，而呼吸道症状往往持续一周以上，而乏力则需两周才可恢复。单纯型轻症流感类似普通感冒，病程较短，一般仅为2—3天，患者容易被忽视而被误认为是其他病毒引起的上呼吸道感染。
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肺炎型流感是流感病毒向下呼吸道蔓延引起的，可以由单纯型流感转来，亦可在流感病毒感染后直接发生。肺炎型流感主要发生于老年人、婴幼儿、慢性心、肾、肺疾病患者或用免疫抑制剂治疗者、孕妇等免接力低下的人群。肺炎型流感轻症者发病时类似单纯型流感，但发热持续时间较长，咳嗽、胸痛较剧，咯片块状谈灰色粘痰，一般可在1—2周后症状逐渐消失，炎症消散。重症者发病1—2日后病情加重，出现持续高热、剧烈咳嗽、呼吸急促、紫组、血痰等症状，病程可达3—4周，重者可在5—10天内因心力衰竭或循环衰竭而死亡。
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流感病毒侵入神经系统和心血管系统，可引起中毒型流感，出现脑炎或脑膜炎等中毒性症状，表现为持续高热，昏迷，成人可见谵妄，儿童可出现抽搐，并出现脑膜刺激征，脑脊液细胞数可少量增加。有些病例可由于血管神经系统紊乱或肾上腺出血导致血压下降、休克、弥漫性血管内凝血等严重症候，病死率高。