流行性感冒的潜伏期约数小时至1～2日。起病急骤，可有高热、畏寒、头痛、背痛、四肢疼痛、疲乏等，不久即出现咽痛、干咳、流鼻涕、眼结膜充血、流泪，以及局部淋巴结肿大、肺部出现粗罗音。偶有腹痛、腹泻、腹胀等消化道表现。在婴幼儿则临床表现每与其他呼吸道病毒感染相似，炎症涉及上呼吸道、喉部、气管、支气管、毛细支气管及肺部。常突发高热，伴全身中毒症状及流清鼻涕，常见呕吐、腹泻等消化道症状，偶见皮疹及鼻衄。体温可在38～41℃，高热时可出现惊厥。幼小婴儿还可出现严重的喉、气管、支气管炎伴粘稠痰液，甚至发生呼吸道梗阻现象。
流感常发生并发症，最重要的是继发或附加的细菌感染如中耳炎、化脓性鼻窦炎和肺炎的为较常见。