1、初始确认时交易费用处理方式不同。
资产在初始确认时交易费用处理方式的不同是由企业持有金融资产的意图不同而造成的，企业持有交易性金融资产主要是为了短期内进行交易，获取交易差价，因此持有该金融资产的目的主要就是获取投资收益；
因此该资产在取得过程中发生的成本之外的交易费用，就是投资者为了取得投资而先付出的代价，因此交易性金融资产的交易费用应该计入“投资收益”的借方；但是，可供出售金融资产的持有意图和持有期间并不确定；
因此，为了避免企业尤其是上市公司利用交易费用调节利润，对于企业持有时间不确定或者是长期资产的交易费用一般是计入到资产的入账价值中的。
2、资产负债表日，资产的公允价值变动处理方式不同。
交易性金融资产的公允价值变动计入当期损益是由它的持有意图决定的，由于交易性金融资产持有时间短，仅是为了赚取差价，因此短期内会处置，所以公允价值变动可以通过“公允价值变动损益”直接计入当期损益；
而可供出售金融资产由于持有意图不明确，持有期间不确定，为了防止企业利用金融资产公允价值变动来人为调节利润，所以可供出售金融资产持有期间的公允价值变动要计入“资本公积—其他资本公积”，等到处置的时候才可以转入当期损益。
3、资产减值损失处理方面不同。
交易性金融资产的公允价值变动直接计入了当期损益，主要是因为持有期限短，不涉及到减值测试和实际利率摊销问题，而且交易性金融资产正常的价值波动已经直接计入了当期损益，计提减值准备也是计入当期损益，因此二者造成的结果一样，不需计提减值准备；
而可供出售金融资产的公允价值发生非暂时性下跌，应当将原计入所有者权益的公允价值下降形成的累计损失，一并转出计入当期损益，主要是因为可供出售金融资产在持有期间的公允价值变动是计入“资本公积—其他资本公积”的，影响的是权益而不是损益，而资产减值的话是会对当期利润造成影响的。
参考资料来源：百度百科—交易性金融资产
参考资料来源：百度百科—可供出售金融资产
（一） 取得两类金融资产时相关的交易费用的处理有所不同
交易费用是指可直接归属于购买、发行或处置金融工具新增的外部费用。新增的外部费用是指企业不购买、发行或处置金融工具就不会发生的费用，这里所指的交易费用一定是与取得金融资产相关的、新增的费用。交易性金融资产在取得时发生的交易费用应当直接计入当期损益，不作为该类金融资产初始入账金额的一部分。但可供出售金融资产在取得时发生的相关交易费用应当作为初始入账金额。
（二） 企业在持有这两类金融资产期间取得的利息或现金股利收入应当计入投资收益，但这两类金融资产在会计处理上仍有区别
就企业拥有的权益类金融资产来看，无论是交易性金融资产还是可供出售金融资产都应当在被投资单位宣告发放股利时计入当期的投资收益。但企业拥有的债券类金融资产在计息日的会计处理方法有所不同。交易性金融资产应按债券的票面利率计算应收利息，同时确认为企业的投资收益；但企业拥有的可供出售金融资产则应当按照实际利率法来确认企业当期的投资收益。
（三） 在资产负债表日，两类金融资产的公允价值发生变化时具体的会计处理方式不同
当金融资产公允价值发生变化时，该变动计入所有者权益和还是当期损益，关键是要看金融资产所属的分类，不同类别的金融资产有不同的处理方式。企业拥有的交易性金融资产公允价值发生变化时，应将公允价值变动形成的利得和损失直接计入当期损益，当交易性金融资产的公允价值大于账面价值时，就形成企业的当期收益；反之，则形成企业当期的一项损失。企业拥有的可供出售金融资产的公允价值发生变动幅度较小或暂时性变化时，企业应当认为该项金融资产的公允价值是在正常范围的变动，应将其变动形成的利得或损失，除减值损失和外币性金融资产形成的汇兑差额外，将其公允价值变动计入资本公积（其他资本公积）。
（四） 金融资产发生减值时处理有所不同
一般而言企业应当在资产负债表日对其拥有的金融资产的账面价值进行检查，有客观证据表明金融资产的预计未来现金流量有影响且该影响能够可靠计量，我们就认为该金融资产发生了减值，应当计提减值准备。然而企业却不需要对其拥有的交易性金融资产计提减值准备，这主要是因为此类金融资产的价值变动已经计入当期损益，其中公允价值变动造成的损失和减值的会计处理在实质上都是一样的，都是为了更加客观的反应企业拥有的金融资产的价值。在资产负债表日，可供出售金融资产公允价值发生了较大幅度的下降或下降趋势为非暂时性时，我们就认为可供出售金融资产发生了减值损失，应确认减值损失和计提减值准备。可供出售债务工具的减值损失在以后的会计期间可以通过损益转回，但可供出售的权益工具一旦确认即使在以后有客观证据表明该金融资产的价值已恢复，原确认的减值准备也不能通过损益转回。
（五） 企业对两类金融资产的重分类处理不同
某项金融资产一旦划分为了交易性金融资产后，不能在重分类为其他类别的金融资产，其他类别的金融资产也不能在重分类为交易性金融资产。可供出售金融资产、持有至到期投资、贷款和应收款项等三类金融资产之间可以转换，但不得随意重分类，必须遵守有关的规定。
（六） 企业出售两类金融资产时，会计处理方式有所不同
企业应按照出售金融资产取得的收入与该项金融资产的账面价值的差额确认为企业的投资收益，此外为了正确的核算企业取得的投资收益，还应当结转相应的科目。企业出售的交易性金融资产时，应当将原来由于公允价值变动计入当期损益对应转出为投资收益，把原来计入当期损益转出作为企业总的投资损益的组成部分；企业出售可供出售金融资产时，需要将原来由于公允价值变动计入所有者权益的资本公积（其他资本公积）对应转出为投资收益，作为核算该金融资产投资收益的一部分。本回答被提问者采纳
1、企业在取得交易性金融资产时，应当按照取得的公允价值计量，而在取得交易性金融资产时发生的交易费用在发生时直接计入当期损益。支付的价款中包含已宣告但未发放的现金股利或已到期但尚未领取的债券利息，应当单独确认为应收项目，记入“应收股利”或“应收利息”账户。
2、企业在持有交易性金融资产期间取得的利息或现金股利，应当确认为当期损益，记入“投资收益”账户中。
3、在资产负债表中，交易性金融性应当按资产负债表中的公允价值与账面价值的差额直接计入当期损益，通过“公允价值变动损益”账户进行处理。