1、合作社与协会是两个不同性质的经济组织形式，是有区别的：
（1）性质不同
合作社是企业法人，在工商部门登记，它是个企业，是个经济实体，它直接与社员签订购销合同，为社员提供生产资料和技术服务，收购农副产品，搞加工、运输、销售服务。
协会是社团法人，在民政部门注册登记，以农产品行业来划分，一般不搞经济实体，主要是为成员提供生产、技术、营销方面的信息和技术服务。如果要收购农产品搞加工、销售业务，则应另外成立实体公司。
(2）参加者不同
合作社的参加者一般为个体农民。
协会的参加者一般为企业，少数为个体农民。
2、 相同点
一是手段和目的相同。都是以农业生产的规模化、组织化为手段，加强农业产业的指导、管理、营销，进而提高生产效益和农民收入。
二是都是合法的法人主体。农经类协会是社团法人。社会团体登记管理条例第3条规定：社会团体应当具备法人条件。社会团体是国家四大法人主体之一的社团法人。农业专业合作社是在工商局注册登记的。
三是都可以进行经营活动。社会团体登记管理条例第二条规定：社会团体是为实现会员的共同意愿，按照其章程开展活动的非营利组织。第三十三条规定：从事营利性经营活动是超出宗旨和业务范围的活动应予行政处罚或追究刑事责任。所以社会团体是可以从事非营利的经营活动的，协会可以组织会员统一采购、统一管理、统一销售，只要协会不从中以牟利为目的，就符合条例的规定。