谕以袁崇焕付托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，种种罪恶。。。以上为崇祯杀袁崇焕的罪名。现在就来看一下他的这些罪名是怎么来的。
第一、袁崇焕有权杀毛文龙吗，袁崇焕明目张胆的，肆意专杀了另一个总兵镇守，这不仅违背《大明会典》相关规定的，更是属于目无法度之行为，还是对皇帝威权的无视。他最终没有被论“谋叛”，而却被陵迟处死，应是被论了“谋反大逆”之罪，这跟他擅杀毛文龙有极大的关系。袁崇焕最后的罪名里谋款斩帅这条是成立的。
第二、袁崇焕杀了毛文龙之后东江军整体崩溃，整个辽东战略态势改变，短短三个月后后金就绕道喜峰口，最终还有三顺王的出现等，这个算不算亲者痛仇者快，后金最终成为了最大得益者。第三、后金破喜峰口后袁崇焕带兵去了蓟县，他还信誓旦旦的告诉崇祯必不使敌潜越，最终后金又是怎么穿过蓟县天险到的北京，故意什么的先不说，忽悠领导这个至少是无能失职,而且一直到北京城下都未予后金军交战过一次，所谓顿兵不战，纵敌长驱这个罪名也是跑不掉的。
第四、后金破遵化后，上谕兵部各路援兵俱令听督师袁崇焕调度，结果袁崇焕回尤世威于昌平，退侯世禄于三河，使得后金一路根本没有遇到像样的抵抗，轻松直逼北京城下，所谓援兵四集，尽行遣散这点也没错吧。第五、许诺五年平辽，结果一年就让后金打到北京城下，袁身为蓟辽督师应不应该承担责任，所谓托付不效也没错吧。
以上五条罪名成立，崇祯判袁崇焕个死罪也不算过分。但是己巳之变后，崇祯虽然心生疑虑，并下令逮捕袁崇焕，但尚没有将他置于死地的意思，只是“暂解任听勘”，当时朝廷官员为袁崇焕鸣冤者也不在少数。袁崇焕之所以最终落得惨死的下场，是由于朝廷中一些别有用心的人将袁崇焕案与党争纠缠在一起，最终使事情发展到无法收拾的地步。明朝尤其是明末，党争是一大政治顽疾和恐怖政治的恶性疮疤，一个再耿直刚正的人一旦陷入党争的漩涡，惨遭横祸都丝毫不稀奇。
山东御史史范在崇祯三年八月六日的奏疏上，捏造事实称钱龙锡主张”袁崇焕斩帅致兵，倡为款议以信五年成功之说，卖国欺君，秦桧莫过”（此时钱龙锡已经辞官）。此奏疏将袁崇焕与秦桧相提并论，居心险恶。史范还诡称钱龙锡曾受袁崇焕贿赂，巧加钻营，致使国法不伸。此奏疏用尽手段，故意用尽种种危言耸听的观点刺激崇祯，建议崇祯对袁案严加审讯，尤其是“擅权主款”大罪。
崇祯看罢这道奏疏，“怒不可遏”，立即下旨，“袁崇焕擅杀逞私，谋款致敌，欺藐君父”，钱龙锡“私结边臣，互谋不举，下廷臣会议其罪”（崇祯向来忌讳已经辞官的大臣结党营私）。此时，崇祯将袁案由“功罪难掩，暂解任听勘”，上纲到“欺藐君父”的大罪，袁之死已经注定了。某种程度上，袁实死于党争，和当时的很多耿直之士一样，是明末畸形政治的注定悲剧。