不能异地办理，根据规定，港澳通行证只能在当事人的户口所在地办理。
《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》
第六条 内地公民因私事前往香港、澳门，须向户口所在地的市、县公安局出入境管理部门提出申请。
第九条 内地公民因私事申请前往香港、澳门，须回答有关询问并履行下列手续：
（一）交验户口簿或者其他户籍证明。
（二）填写申请表；
（三）提交所在工作单位对申请人前往香港、澳门的意见；
（四）提交与申请事由相应的证明。
第十一条 公安机关出入境管理部门受理的前往香港、澳门的申请，应当在六十天内作出批准或者不批准的决定，通知申请人。
第十二条 经批准前往香港、澳门定居的内地公民，由公安机关出入境管理部门发给前往港澳通行证。持证人应当在前往香港、澳门之前，到所在地公安派出所注销户口，并在规定的时间内前往香港、澳门。经批准短期前往香港、澳门的内地公民，发给往来港澳通行证。持证人应当在规定时间内前往并按期返回。
法律分析：可以在异地办理的。
1、目前我国有43个城市允许非本市户籍人员办理港澳通行证，但要满足一定的条件：这43个城市分别是：北京、天津、石家庄、太原、呼和浩特、沈阳、大连、长春；
哈尔滨、上海、南京、杭州、宁波、合肥、福州、厦门、南昌、济南、青岛、郑州、武汉、长沙、广州、深圳、南宁、海口、重庆、成都、贵阳、昆明；
西安、无锡、常州、苏州、温州、嘉兴、舟山、泉州、株洲、湘潭、珠海、东莞、佛山首先确定本人是否在这些城市之内，否则只能回户籍所在地办理；
2、就业人员带本人户口簿+复印件、二代居民身份证+复印件、一年或以上有效的本市居住证、连续一年本市社保证、照片+照片回执去市出入境厅办理即可；
3、在高等院校在读的非本市户籍大学生，本人持户口簿、二代居民身份证、学校出具的证明和学生证、照片+照片回执去市出入境厅办理即可；
4、首次办理港澳通行证不能委托他人代办，续签可以由他人代办；
法律依据：《行政许可法》第十二条 下列事项可以设定行政许可：
（一）直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动，需要按照法定条件予以批准的事项；
（二）有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项；（三）提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项；（四）直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项；（五）企业或者其他组织的设立等，需要确定主体资格的事项；（六）法律、行政法规规定可以设定行政许可的其他事项。
