如果在公安局和在检察院的口供不一样，一般来说检察院会根据自己录的口供来进行起诉，公安机关的口供就不再作为证据提交。如果检察院把两份口供都提交的话，就会造成“翻供”，两份口供都成了没有效力的证据。
依据我国相关法律的规定，公安机关对嫌疑人进行讯问后录了口供的，将案件移送到检察机关后，检察机关认为需要继续侦查的，是可以讯问嫌疑人录口供的。很多的人如果选择去法院起诉的话，那么相关的公安局和检察院都是需要提供口供的。虽然说口供不是定案的唯一证据，但是这也是比较重要的。
如果说公安局和检察院录的口供不一样，一般情况下也是会优先选取检察院的口供，这个时候可能就不太需要公安局的口供了。因为并不能够把两种不一样的口供上传，不然的话也会导致翻供，这样也是非常不好的。所以说人们应该注意这方面的情况，也应该了解这方面的事情。
一、翻供的法律后果是：
翻供如果说的是真的事实就不会被处罚，如果是因为受了别人的贿赂翻供将会被有关部门进行调查处罚。
刑事案件中，犯罪嫌疑人是否翻供由其自己决定，不存在好坏的说法。刑事诉讼的原则就是“以事实为依据，以法律为准绳。”如果犯罪嫌疑人无罪的话，在侦查阶段的有罪供述，显然对其不利，翻供的话对其是有利的表现。如果犯罪嫌疑人有罪，而翻供，侦查机关有其他的证据证明犯罪事实发生，反而对其不利。
二、口供能作为定罪依据吗？
只有口供是不能定罪的。如果只有口供而没有其他证据的话，这个时候法庭应当做出无罪的判决。不光是只有口供没有其他的证据不能定罪，在其实在刑事案件中，任何一个证据都会受到孤证不能定罪原则的限制。重证据、重调查研究、不轻信口供原则。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第五十四条 人民法院、人民检察院和公安机关有权向有关单位和个人收集、调取证据。有关单位和个人应当如实提供证据。
行政机关在行政执法和查办案件过程中收集的物证、书证、视听资料、电子数据等证据材料，在刑事诉讼中可以作为证据使用。
对涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私的证据，应当保密。
凡是伪造证据、隐匿证据或者毁灭证据的，无论属于何方，必须受法律追究。
第五十五条 对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
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