疾病负担研究（GBD）——如何在R中调用joinpoint软件计算AAPC

Question

如题所述

Answer 1

本文介绍如何在R中调用joinpoint软件计算AAPC（平均每年百分比变化）的方法。首先，您需要在surveillance.cancer.gov官网下载joinpoint的command-line文件，并在个人用户下载并签署相关协议后，完成安装。然后将exe文件复制到您的目录下。

接着，您需要在R文件夹中找到配置文件并复制到您的目录。这里推荐使用notepad++打开配置程序，以便更好地理解文件内容。配置文件中包含了操作软件的按钮设置和输出格式设置，您可以通过打开ReadMe.txt文件找到所有配置形式。建议您根据实际需求对配置文件进行修改。

为了进行计算，您需要安装configr软件包，并以食管癌发病率为例，读取相应的数据。确保数据中包括标准误信息，这是joinpoint软件运行所必需的。根据可信区间定义公式计算标准误，并对EAPC数据进行排序，以便满足软件的输入要求。

在完成数据准备后，您需要使用joinpoint软件计算AAPC。使用command line提供的示例版本，确保输入文件没有变量名称（如果可能不准确，因为实际操作中可能会遇到运行错误）。输出文件中去除行名和列名，以确保兼容性。

配置好配置文件后，您可以在R中生成joinpoint运行文件。运行代码后，输出文件会展示AAPC及其可信区间等信息。您可以获取这些数据并按照特定步骤整理出所需的表格数据。

文章结束部分提到，如果您需要代码、配置文件和数据，可以通过关注公众号“小明学习室”并回复关键词“GBD”获取。但请注意，文章中的关注、转发、点赞和评论相关提示信息已被删除。