这要从遗传学角度来解释。生物的遗传是通过基因传递信息来完成的，基因是遗传的物质基础，通过生殖细胞（精子和卵子）传给后代，从而父母的性状特点在子代得以表达。我们每个人大约有5万以上的基因，这些基因一半来自父亲，另一半来自母亲，就是说，每个子女与父母之间的基因有1/2可能相同，所以同胞兄弟姐妹之间的基因则也有1/2可能相同。而爷孙、叔侄、舅甥等之间则有1/4可能相同。同理，表兄妹、堂兄妹等之间则有1/8可能相同。某些遗传性疾病的致病基因是隐性的，如双亲中一方带有这种基因，而另一方不带，则可使致病基因被掩盖，所以后代不发病。只有当夫妇双方都携带这种隐性基因，后代才发病。如前所述，近亲结婚，双方携带有相同基因的可能性明显大于一般群体。以白化病为例，本病以全身皮肤、毛发白化为特征。群体中携带这种致病基因的频率为1/50，如果非近亲结婚，则子代中发病的机会为1/10000，假如是表兄妹之间的近亲结婚，则子代中发病的机会为1/1600，要比非近亲结婚高6倍多。目前已发现的常染色体隐性遗传病有1232种。除白化病外，较常见的还有先天性聋哑、小头畸形、苯丙酮尿症、半乳糖血症等等。近亲结婚除使隐性遗传病发病率增高外，还可使多基因遗传病发病率增高，常见的有脑积水、脊柱裂、无脑儿、精神分裂症、先天性心脏病、癫痫等等。
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