漫画第二部主要内容：
第一部中最后L败给了月，被想要保护海砂的莱姆杀死了。若干年后月大学毕业进入搜查总部代替L继续抓捕基拉，一方面自己和海砂仍然担任基拉的角色。尼亚成立一个叫做SPA的组织同样捉拿基拉，而梅罗变成了黑帮的成员。
梅罗绑架了夜神妆裕，要求总部用笔记交换并且成功得到了笔记。而这时出现了一个叫斯度的脑子比较笨的死神，原来琉克多余的一本笔记是斯度掉了之后被琉克从死神大王那里骗走的，现在则到了梅罗手里，斯度不得不去找梅罗并且稀里糊涂听从了梅罗的指挥。后来经过一番周折，月等人找到了梅罗的藏身处，并由夜神总一郎与琉克交换死神之眼与不知情的梅罗单独会面，以逼迫梅罗就范。梅罗逃走了，笔记被抢了回来，总一郎被枪击中牺牲，斯度拿了要回来的笔记离开。
尼亚与月以L和M的身份联系，并且开始怀疑月和海砂。总部的相泽与尼亚暗中联络后也开始怀疑月，月察觉后自知要寻找一个代替者继续充当基拉。一番慎重选择后，月挑选了一名基拉的绝对信徒魅上照作为基拉，让海砂放弃笔记又一次失去记忆，把海砂的笔记绑在自己身上以保持自己的记忆，然后放弃自己的笔记寄给魅上。
樱花电视台的基拉代言人出目川因为乱敛费用违背基拉本意被魅上杀死，同时魅上选择了新代言人，恰好是月大学时的女友高田清美。月对搜查总部以接触高田接近基拉为理由与高田时时碰面，魅惑高田对他死心塌地，并对高田表明自己的身份，以高田为联系人向魅上传递信息。而尼亚通过调查发现了魅上是基拉执行者的身份后派人监视。
梅罗与尼亚终于联手准备行动。先是由梅罗绑架高田，但是由于之前梅罗的名字被总一郎看到并通过对讲机说了出来，因此月早让魅上和高田作好准备，一旦看到与梅罗画像长相相似的人就写上这个名字杀死他，于是梅罗被高田用藏在身上的笔记纸杀死，而高田被月灭口。
随着事情的发展，总部除了松田其他人都怀疑月，尼亚和SPA成员与月及搜查总部的人最终选在一个仓库会面了清一切。月事先安排魅上在门外用死神眼偷看，由于自己又重新拥有死亡笔记所有权所以魅上看不见他的寿命因而判断他为基拉。魅上写下了除月以外所有人的名字，而尼亚明知魅上在门外干什么却胸有成竹地阻止其他人。等魅上写完后，尼亚让他进来，没有人死去，而笔记上则显示出没有夜神月的名字。原来月知道魅上被监视，安排魅上使用假的死亡笔记装样子，而高田则用死亡笔记的纸完成制裁，但是高田被绑架后，担心出事的魅上擅自违背自己的日常生活规律偷偷去银行拿出真正的笔记将高田灭口，其写下的死亡时间与月相差无几而且方式相同，使得月没有发现这个差错，而之后尼亚手下的人发现魅上的行动异常后偷换了死亡笔记，结果真正的笔记落入尼亚手里。
真相败露的月变得歇斯底里，走头无路之下求琉克帮忙，而琉克觉得游戏结束了，毫不客气地写下了月的名字。尼亚把死亡笔记烧了。
一年后，世界已经恢复了原来的样子，罪恶又开始到处蔓延，松田虽然认为月的做法不对，但仍然开始怀念月活着时的那个令罪恶不敢张扬的世界，而基拉的信徒们仍然举行着祈祷一般的仪式，追从他们心中的神。 海砂也去了....
死亡笔记小说结局
安德烈、莱姆、龙崎……所有对他有威胁的人都被除掉了，在慌乱中的搜查总部成员也会抓住夜神月这最后的救命稻草，接下去他就可以接替L的位置来指挥全世界的警察，这个月是做得到的。
弥海砂，这个迷恋着夜神月，拥有死神之眼的女孩，到底是会成为新世界统治者的最强武器？还是他的王后？
死神琉克会不会对新世界的王者唯命是从？
事事料敌先机的L到底有没有为自己留下别的继承人？
月究竟会不会成为新世界的神？
一切都是未知……
（全文完）
死亡笔记真人电影结局
11月29日
死亡笔记后篇剧情5
月死后一年（原来月死的那天是他生日的说！），妈妈和妹妹在家为他做生日蛋糕（冥寿？）。幸子回忆起月小时候总是把自己的生日蜡烛让给妆裕吹，感叹月真是个善良的孩子……天下雪了，妆裕去给总一郎送伞，两父女雪中谈论起月的“牺牲”，妆裕说虽然KIRA死后犯罪率回升了但她永远都不会原谅杀死哥哥的KIRA（被蒙蔽的孩子！要是你知道KIRA正是你死去的老哥不知道你会有虾米反应！），总一郎也附和着表示赞同（毫无疑问，夜神总一郎是电影版《DEATH NOTE》里心理素质第一好的人……从一开始儿子被L怀疑并参与监视儿子到亲眼见证儿子正是杀人狂魔KIRA且试图杀死自己，再到眼睁睁地看着一直引以为傲的优秀儿子死在自己怀里，最后还要一辈子把“月＝KIRA”这种惊天秘密埋在心里甚至不能让妻女分担丝毫压力……他怎么还没发疯啊他！）
海砂在房间里发呆，自言自语说自己好像忘记了与月相处的某些很重要的往事，怎样都想不起来了……
窗外的东京塔，一只有翼生物环绕盘旋，怪笑阵阵。它就是死神RYUK——这场死亡游戏中最大的赢家。
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