一、机构设置不同：
工程设计综合甲级资质主要有中国航空规划设计研究总院有限公司、上海市政工程设计研究总院、中铁二院工程集团有限责任公司等。
甲级资质设计院主要有中国城市规划设计研究院旅游规划研究中心、中国科学院地理科学与资源研究所、北京清华城市规划设计研究所、广西旅游规划设计院等。
二、资质要求不同：
工程设计综合甲级资质要求注册资本不少于6000万元人民币，近3年年平均工程勘察设计营业收入不少于10000万元人民币。
甲级资质设计院要求每年的成本在100-120万之间。
三、人员设置不同：
工程设计综合甲级资质要求其中具备注册执业资格或高级专业技术职称的不少于200人，且注册专业不少于5个，5个专业的注册人员总数不低于40人。
甲级资质设计院需要一级建筑师3个，一级结构师3个。
四、类别和级别不同：
程设计资质分为工程设计综合资质、工程设计行业资质、工程设计专项资质。
工程设计综合资质只设甲级；工程设计行业资质和工程设计专项资质根据工程性质和技术特点设立类别和级别。