军政府时期
日治时期初期，酒井隆实施戒严令，日本于九龙尖沙咀
半岛酒店发布行政指令。日本军政府（包括政治部、民事部、经济部、
司法部及军事部等）制定了严厉的法例及设立管辖全香港市民的政府。共有7000多名战俘（包括英军及市民）被囚禁于深水埗和赤柱的战俘营，战俘备受饥饿、病患之苦。同时，日本军政府封锁
维多利亚港、控制海旁的货仓。
1942年1月，由印度人及香港人组成的警察被征召成为宪兵队。日本宪兵将香港的警察局分为5区，东香港、西香港、九龙、
新界及水警。总部位于
香港岛中环前法国外方传道会大楼（今香港终审法院）。
[编辑] 民政时期
1942年2月20日，“香港占领地政府”[1]正式成立，由日军矶谷廉介中将出任
香港总督，结束了军政府时期。政府总部设于香港岛中环的香港汇丰总行大厦，半岛酒店则改为军方总部。香港占领地总督部成为了当时香港最高的行政机关，亦是日本战时内阁的直辖机构之一。而香港的地位相等于当时的台湾和朝鲜，故日本并没有于香港筹组傀儡的“自治政府”。
日本人在新的政府（包括民治部、
财政部、交通部、经济部、报道部、管理部及外事部）占据了多数重要职位，中国人只可以担当一些中低级职位。但日本为了达到“以华制华”的目的，也成立了“华民代表会”及“华民各界协议会”这两个华人组织。华民代表会为总督的咨询机构，有委员四名（罗旭和、刘铁诚、李子方及陈廉伯）。而华民各界协议会则有委员22名（主席周寿臣，副主席李冠春，委员董仲伟、叶兰泉、伍华、罗文锦、厮启东、凌康发、林建寅、李忠甫、郭赞、陆霭云、周耀年、郭泉、王德光、谭雅士、
王通明、邓肇坚、颜成坤、黄燕清、冯子英、章叔淳）负责向华民代表会提供意见。与英治时期的行政或立法局不同，华民代表会或协议会并无法律上权力。
在日本控制下，基本的行政区域架构由民治部于1942年3月成立，将香港岛分成12区，九龙分成9区，新界分成7区。每个区都设立一个区役所，并指派一个中国人作为所长，管理该区的大小事务、代表该区市民的所需。这行政架构于矶谷廉介统治下重新设计，奠定了香港日后发展分区管治的基础。此外，占领地政府向香港市民发出“住民证”，是香港首种出现的身份证明文件