一、区别：
1、与领导的关系：
（1）隶属关系：上、下级机关间是领导与被领导的隶属关系。
（2）业务指导关系：上级主管业务部门与下级主管业务部门之间是指导与被指导关系。
2、部门之间的级别不同：
（1）隶属关系：各级政府与其下属的部、委、行、署、厅、局之间是隶属关系，上级政府与下级政府之间也是隶属关系。
（2）业务指导关系：中央政府与地方政府之间是业务指导关系。
3、侧重的工作内容不同：
（1）隶属关系：在内部行政中指对下级机关和工作人员的管辖。
（2）业务指导关系：主要是指导业务方面的问题。
二、举例：城管执法实行的都是属地管理，城管执法队伍的人权和财权都归当地政府掌握，上级城管对下级城管只是业务指导关系。所以，各级城管虽然名义上是一个系统，但却谈不上是一家人。
参考资料：百度百科——业务指导关系
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