新疆本科大学主要有19所，分别是：新疆农业大学科学技术学院（独立学院）、新疆天山职业技术大学（民办）、新疆政法学院、新疆第二医学院、新疆科技学院、新疆理工学院、新疆警察学院、昌吉学院、新疆工程学院、新疆艺术学院、新疆财经大学、伊犁师范大学、喀什大学、新疆师范大学、新疆医科大学、石河子大学、新疆农业大学、塔里木大学、新疆大学。
材料补充：
本科院校（Undergraduate Colleges）指进行本科教育的高等院校，分为公办本科院校和民办本科院校。中国大陆局部地区将本科院校分为一本、二本、三本，也有局部地区将一本称为第一批本科，二本、三本则合称为第二批本科。大学本科是指高等教育的基本组成部分，一般由大学或学院开展，极少部分高等职业院校和应用型本科高校已经开展应用型本科教育。普通本科教育重于理论上的专业化通识教育，应用型本科侧重于应用上的专业教育和实际技能教育，学生正常毕业后一般可获本科毕业证书和学士学位。