曲阜东站是一座2台6线的铁路站点，其站房设计独特，布局为线侧下式，方便旅客的“下进下出”流程。站房总面积达到9996平方米，南北宽206.2米，东西进深34.9米，主体最高点约30米，主体1层，两侧有开放的旅服用房夹层，以及两层的生产附属房屋。站场分上下两层，地下层是地下通道，地上层为站台层，均以黄海高程系统的74.000m为基准进行设计。
站台雨棚无柱设计，长度420米，投影面积23448平方米，高度12米，净高8米。站房结构坚固耐用，设计使用年限为50年，安全等级为二级，抗震设防标准为6度。设计团队为铁道部第三设计院，他们旨在打造一个与高铁站周边环境和谐融合的“高铁组团”，范围包括东至东外环，西至京福高速公路，南至日东高速公路，北至大沂河，总面积约2平方公里，以发展高铁配套的服务业、商贸、居住和高新技术产业。
京沪高铁曲阜站的详细规划充分考虑了历史与现代的结合，将站前广场、站前道路等设施融入其中。站房连接线全长7340米，站前广场面积100.77亩，站前一环路和二环路分别长1194.7米和1873.6米。曲阜东站于2011年6月30日投入运营，初期运营9趟列车，预计从7月1日起，每天将增加至39对列车，成为鲁西南地区重要的交通枢纽，为乘客提供高效便捷的出行服务。
曲阜东站是京沪高速铁路的第9个站点，全线6个精品站之一，位于曲阜市东南部，设在息陬镇，距离市中心约6公里，中心里程为DK533+250，京沪高铁曲阜站组团的核心区域，曲阜新城东西发展轴线的东端。曲阜段附属设施包括曲阜站连接线、站前广场和站前路。曲阜段全长35.1公里，占地约1660.7亩，总投资约40亿。京沪高铁曲阜站连接线工程（迎宾大道东延工程）由中建六局承建，于2010年5月16日开工建设，预计2011年与京沪高铁曲阜东站同期投入使用，建成后将是京沪高铁曲阜东站连接曲阜城区的交通主干道。