影响水产饲料安全的因素主要有：
1．饲料中天然存在的有毒有害物质 棉籽饼、菜籽饼、大豆饼（粕）、蓖麻饼（粕）等饲料，本身就含有棉酚、异硫氰酸酯、胰蛋白酶抑制剂、凝聚素、光敏物质、硝基化合物等抗营养因子，这些物质轻者降低饲料消化率，重者引起鱼类中毒，并对人类健康造成威胁。2．微生物污染 饲料及其原料在运输、贮存、加工及销售过程中，由于保管不善，容易污染上各种霉菌和腐败菌及其毒素，主要有致病性细菌（如
沙门氏菌、大肠杆菌）、各种霉菌（如曲霉菌、青霉属菌、镰刀菌属菌等）及其毒素、病毒（或朊蛋白）、弓形体。有许多人畜共患的传染病，病原微生物通过被污染的饲料使鱼类致病，并污染水产品而危害人类健康。饲料霉变不仅会降低饲料的营养价值和适口性，更为严重的是它们能产生多种毒素，尤其以黄曲霉毒素B1毒性最强，有很强的致畸、致癌性，急性中毒会引起水产动物死亡，更多的是慢性中毒，毒素在动物体内蓄积，影响水产品的质量，危害人体健康。
3．饲料配制过程中的人为因素 近年来，随着饲料工业的迅速发展，各种各样的饲料添加剂被广泛用于配合饲料中，对促进鱼类生长和提高养殖经济效益起了重要作用，但这类物质的滥用和不按规定使用的现象还十分严重，对饲料安全构成了巨大的威胁。
（1）非法使用违禁药品，不按规定使用药物添加剂：饲料中抗生素及一些药物添加剂的添加容易引起药物残留，是目前影响水产品安全性的主要因素。如喹乙醇曾是我国水产配合饲料中使用最多、最主要的促生长剂之一，但是近年来研究发现，过量地使用喹乙醇会引起水产动物抗应激能力下降，甚至死亡。过量残留还会导致人们食用后的安全危害，农业部已经于2002年将其列为无公害水产品的禁用渔药。另外，目前使用较多的黄霉素，对其安全性还需进一步考证，欧盟已开始逐渐禁用。
（2）有毒金属元素：饲料中的铅、汞、无机砷、镉、铬等重金属含量超过一定限度，会对水产养殖动物的生长造成危害，并且这些元素可以在鱼体内富集，其残留量过高会影响人们食用的安全。水产配合饲料中重金属的来源主要为动物性原料，如鱼粉、皮革粉等，预混料的矿物质添加剂也是有害金属的来源之一。
（3）农药：不适当地长期和大量使用农药，可使环境和饲料受到污染，破坏生态平衡，对动物健康和生产以及对人类健康造成危害。农药的种类繁多，按其化学成分可分为：有机磷制剂、有机氯制剂、有机氮制剂、
氨基甲酸酯类、拟除虫菊类和砷制剂、汞制剂等。大部分农药化学性质稳定，不易分解，在环境中的残留期长，可在动植物体内长期蓄积，通过
食物链对鱼类和人体产生中毒效应。
（4）多氯联苯：常见的多氯联苯（PCB）为三氯联苯和五氯联苯，广泛应用于工业如电器设备的绝缘油、塑料和橡胶的软化剂等。生产和使用PCB的工厂“三废”的任意排放成为PCB的主要污染源，含PCB的固体废物燃烧以及生活污水、工业废水的挥发等也可造成污染。
鱼油和鱼粉是水产饲料受PCB污染的主要来源。大部分海产鱼油中均含有少量PCB，添加于水产饲料后，由于养殖鱼类的不断摄食而产生累积，因其具有亲脂性，主要蓄积在脂肪组织及各脏器中，从而对鱼类产生危害。（5）油脂酸败和
组胺：鱼粉和鱼油是渔用饲料加工的主要原料，它们都含有较高的
不饱和脂肪酸，极易氧化酸败。饲料脂肪氧化酸败也称饲料哈变，是油脂长期储存于不适宜条件下发生的一系列化学变化，其中含有不饱和键的物质（脂肪、脂肪酸、脂溶性维生素及其它脂溶性物质）发生
氧化反应产生游离脂肪酸、酮和醛等多种氧化产物，使其酸价、过氧化物值及熔点增高，并对油脂的感观性质发生不良影响的变化。长期摄入酸败油脂，会使动物体重减轻和发育障碍，器官病变。
水产饲料中鱼粉用量一般都较高，鱼粉原料不新鲜或贮存时间过久，其鲜度就会下降，挥发性盐基氮（VBN）和组胺含量升高。实际上使用不新鲜、腐败霉变的鱼或肉制品制作的鱼粉或肉骨粉产品，其生物胺含量一般都较高，其中主要是组胺。组胺是
组氨酸的分解产物，是组氨酸在莫根氏变形杆菌、组胺无色杆菌等细菌存在的组氨缓脱羟酶作用下，脱去羟基后形成的一种胺类物质。它是一种毒素，动物摄入一定量的组胺后会引起中毒。因此组胺含量可作为鱼粉或肉骨粉鲜度下降的重要指标。
（6）转基因饲料原料：转基因饲料的安全问题目前尚无最终答案，但已经大量应用于水产动物饲料中，其潜在的风险依然存在。比如用转基因原料生产的饲料饲养出来的动物是否会产生遗传污染；这样的动物性食品是否与非转基因食品实质等同，无显著差异；转基因食品在某些情况下是否会产生过敏；对生态安全性有无影响等。目前已用
转基因技术培育出了高油、高赖氨酸玉米、“双低”油菜、高
蛋氨酸大豆、无色素腺体棉花等，它们中的一部分已被用作饲料原料，这些原料具有营养价值高的特点，但对其安全性问题，仍须保持足够的谨慎和正确的评估。
（7）
益生菌：目前，虽然国内外已有大量商品化的益生菌（益生素）问世，但是除了对酵母、芽孢杆菌和
乳酸菌的研究相对深入一些外，大部分益生菌的研究只是停留在对作用效果的研究上，而且这些研究结果还很不系统，还需要更多的实验支持，对机理研究的不深入会在益生菌的使用中存在许多问题，其中最重要的问题之一是益生菌的安全性问题。许多微生物有益生作用，但是并不意味着它没有副作用。许多益生菌的应用还存在着争议，如肠道球菌既能维持人或动物肠道内微生物的菌群平衡，用于治疗
胃肠炎，也是一些食物中的正常菌群，但是它同时也可能产生细菌毒素，污染食品，导致
食物中毒。需要特别注意的是，一些益生菌株如果含有可转移的耐药性因子，对生物安全绝对是有害的。