首先，《承包经营权证书》的发放与其它权属证书如《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的发放有着本质区别。《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的发放是应申请人的申请而进行，申请人不提出申请则不能取得宅基地使用权、房屋所有权和合法的婚姻关系；而《承包经营权证书》的发放依《农村土地承包法》的规定系人民政府应主动履行的职权和职责，承包人虽不提出申请但只要承包合同依法成立即取得了农村集体土地承包经营权。
其次，《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的取得体现国家的行政管理职能，行政管理机关不批准，申请人则不能取得宅基地使用权、房屋所有权和合法的婚姻关系，行政管理机关批准后，申请人的宅基地使用权、房屋所有权和合法的婚姻关系才能成立和生效；《承包经营权证书》的取得虽然亦体现国家的行政管理职能，但更多层次上是对平等民事主体民事活动在国家行政权力上的认可，本质上属行政鉴证的历史范畴，行政机关认为承包人不符合颁发《承包经营权证书》的条件，承包人如要求取得《承包经营权证书》则可通过民事诉讼要求人民法院先行确认已经取得的承包经营权，承包人凭生效的法律文书可再向行政机关要求颁发《承包经营权证书》，如行政机关不予颁发则可通过行政诉讼解决。前者强调的是审批，后者强调的是认证。
第三，《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的发放原则上一证一审，逐个审批，已经走上规范化、制度化、法治化的轨道，且有法可依。而《承包经营权证书》的发放不统一、不规范。通行做法是由人民政府先发放带有人民政府印章的空白经营权证书由村委会代为填写、四至填写不清、少填或不填部分承包田、填写错误的则直接在证书上予以涂抹和更改、家庭承包方式取得和承包经营流转取得的承包田不作区分、土地暂时流转或代耕代种的，证书上没有反映或反映错误、与登记机关的土地清册不符的等，证书填写的随意性很大。直到2003年12月1日，农业部才出台了《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》，在此之前，证书的发放实际是无法可依，仅由政策调整，所以没有走上规范化的道路。所以证书的发放没有体现登记机关的审查职能，不能准确反映人民政府的真实意志。所以审判实践中，人民政府对人民法院以证书或清册为由裁定由人民政府处理的意见很大，大多希望人民法院直接裁决。
第四，《农业土地承包法》规定，承包方自承包合同生效时取得承包地承包经营权，而承包合同成立时即生效。《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第二条规定：“农村土地承包经营权证是农村土地承包合同生效后，国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证”；第五条规定：“农村土地承包经营权证所载明的权利有效期限，应与依法签订的土地承包合同约定的承包期一致。”；第九条规定：“农村土地承包经营权证登记簿记载农村土地承包经营权的基本内容。农村土地承包经营权证、农村土地承包合同、农村土地承包经营权证登记簿记载的事项应一致。”所以，承包经营权的取得不以《承包经营权证书》为必要条件，承包经营权自承包合同成立时即依法取得。在民事案件中，《承包经营权证书》作为当事人取得承包经营权的证明，是一种证明权利的凭证，仍是书证的一种，仍应受到人民法院必要的审查。《承包经营权证书》应与承包合同、土地清册相一致。一般情况下，《承包经营权证书》与土地清册及二轮承包时签订的承包合同内容相一致，应确定《承包经营权证书》的效力。但如果有证据证明《承包经营权证书》存在不实之处，应根据案情确认其证明效力。《承包经营权证书》与《土地清册》内容不一致时，一般应按照登记机关《土地清册》内容为准。《土地清册》、《承包经营权证书》与二轮承包时签订的承包合同不一致时，要考查承包经营权的流转情况，如双方当事人不能提供合法的流转手续，登记机关亦没有合法的流转登记记载，应以二轮承包合同的成立确定承包经营权。《承包经营权证书》经过涂改、与土地清册不符、与承包合同成立不符而没有合法的流转手续等明显违法情况的，法院可直接认定其没有合法来源依据而不予采信。
第五，颁发《承包经营权证书》的前提是对承包合同已经成立、取得承包经营权的确认，而人民政府对承包合同是否已经成立、是否已经实际取得承包经营权仅有形式审查的职能，不具有从实体上审查承包合同是否已经成立的实质审查权，所以人民政府颁发《承包经营权证书》的行为是羁束行政行为，行政机关没有自由裁量权。如果先由人民政府撤销《承包经营权证书》，人民政府仅能对部分因程序违法而错误颁发的《承包经营权证书》予以纠正，但对实体内容违法因没有处理承包合同的职权而陷入尴尬的局面，先民后行的处理方式是解决内容违法《承包经营权证书》的理智选择。
第六，一般情况下，登记机关的土地清册可作为承包方取得承包经营权的依据，但有例外，以徐州市为例，该市二轮承包大多于1994年完成，同年人民政府颁发《土地使用权证书》而非《承包经营权证书》，按照徐委办[2000]43号文件规定，徐州市在2000年年末前把1994年人民政府颁发的《土地使用权证书》按照1994年调整的人地关系换发为《承包经营权证书》，在换证的过程中，由于许多抛荒、撂荒的农户没有回来或按当时政策精神由村委会或村民小组暂时收回另行发包，在登记机关清理核查制作土地清册时，村委会或村民小组往往应新的承包方（非家庭方式取得而是以其它方式取得）的要求，登记在新的承包方承包地范围之内，无论是村、组、第三人（即新承包方）以及农业承包主管登记机关真实意思主要是为了便于农业税的征收和农村义务工的履行，大多情况下，登记机关对这种错误登记因村委会人员填写并不知晓，这种变更往往没有征得原承包方人的同意或知晓，这种错误反映在清册登记上，不能反映登记机关的真实意志，人民法院应根据查明的事实不予采信。
第七，最高人民法院副院长黄松有就最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》答记者问中谈到一地数包的处理原则：已经登记的取得经营权，“需特别说明的是，《解释》之所以未将取得土地承包经营权证等证书作为确定土地承包经营权权利属性的依据，主要是基于两个考虑：1、从法律上讲，依法在登记机关进行登记，即已完备了物权法意义上的公示，只有依法登记才具有物权公示的实质意义；2、从调研情况看，确权发证的工作在个别地方还有待加强”。上述讲话是针对以其它方式承包一地数包的情况，以其它方式承包经过登记的承包经营权亦具有了物权效力，而以家庭承包方式取得的承包经营权自合同成立即具有了物权效力，在家庭承包部分没有规定权属证书作为确定家庭土地承包经营权权利属性的依据更在情理之中，审判实践中对《承包经营权证书》的定型化认识过于呆板，脱离了具体的、历史的客观现实，犯了形而上学机械化的错误。
事实上，随着农业承包由法律单向调整的格局完全确立，农业主管部门的有法可依和严格执法，对《土地承包法》实施后取得二轮承包经营权而按照《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》取得的《承包经营权证书》则不会存在本文谈到的各种承包经营权之间所谓的冲突，人民法院应积极履行法律赋予的审判权力，加大对农业承包纠纷的审理力度。只要承包方在二轮承包中取得了家庭承包经营权，后因抛荒、撂荒或向发包方交回家庭承包田，而与所在村委会、村民小组、实际耕种土地的第三人发生的纠纷，应归属于最高院2005涉农司法解释第一条规定的农业承包合同纠纷、承包经营权流转纠纷、承包经营权侵权纠纷的范畴，均属于平等主体之间的民事纠纷，属人民法院受理民事案件的范围，应及时立案受理，第三人以人民政府颁发的《承包经营权证书》或登记机关制作的土地清册作抗辩的，人民法院应根据案情确定其效力，确定一方的承包经营权，而不应以土地权属纠纷裁定由人民政府处理。
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