1、诞生背景不同。
APP是随着智能手机的发展而发展的，随着手机芯片，操作系统，屏幕技术，触控技术的发展，手机进化进入智能手机时代，因此APP应运而生，APP发展至今已有超过10年的历史。
APP加速了互联网从电脑时代向移动时代的转变，让用户在移动手机端就实现了很多的程序功能应用，为用户带来很多的便捷。微信也是其中的一个APP应用，是中国目前用户量最大的APP，用户量已经超过10亿。
小程序是腾讯公司推出的基于微信APP的程序应用，诞生于2017年1月。小程序的诞生是源于腾讯公司的战略发展规划，微信用户量庞大，本身就可以看做是一个操作系统，小程序应用就是基于微信操作系统的。
其次，小程序注重程序功能的应用，有连接万物的可能性，在未来物联网的发展领域有比较大的想象空间。
2、开发技术区别。
APP开发根据开发方式可分为原生APP和WebAPP，APP主流开发操作系统有安卓和IOS。
安卓版本原生APP的开发语言为JAVA，IOS版原生APP的开发语言为Objective-C。
安卓版本WebAPP的开发语言为JAVAHTML，IOS版WebAPP的开发语言为Objective-CHTML。
微信小程序是基于腾讯的小程序开发框架进行开发，开发技术是微信自主研发的小程序类JavaScript语言。
3、功能区别。
原生APP开发就是APP的功能大部分在手机端就可以交互访问，只有在需要访问数据库服务器的时候才通过网络对外交互。原生APP开发速度相对较慢，但APP访问速度快，用户体验好。
WebAPP的很多功能都要基于网络访问才能实现，其优点是开发速度快，其在访问速度，用户体验方面存在一定的局限性。
微信小程序的访问效率和用户体验上不及原生APP，与WebAPP在访问效率和用户体验方面不相上下。