不可以退一、增值税专用发票如果不可用，有以下三种情况：
1、当月发现并退回的，销售方可以直接作废，并重新开具发票；
2、跨月发现，但仍在抵扣期限内（2010年以后开具的是180天，2010年以前的为90天），可以由购买方或销售方到税务局开具红字发票申请，得到审批后，销售方开具红字发票后，才可重新开具正确的发票；
3、发现发票有误，但已经超过抵扣期限的，就不可以作废，也无法退回；因此，如你所说，贵司发现的发票都已经超过90天了（09年开具的，抵扣期限90天），销售方已无法退换发票。
二、根据《国家税务总局关于企业
所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号 ）第六条的规定：“企业当年度实际发生的相关成本、费用，由于各种原因未能及时取得该成本、费用的有效凭证，企业在预缴季度所得税时，可暂按账面发生金额进行核算；但在
汇算清缴时，应补充提供该成本、费用的有效凭证。”《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号）第六条规定：“根据《
中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得
税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。”
扩展资料：增值税一般纳税人在开具增值税专用发票中经常存在开票有误、发生销货退回以及开具发票退回等情况，需要重新开具增值税专用发票。以下就针对几种情况对重新开具专用发票的政策问题进行整理归纳。
一、收回原发票直接按作废处理，重新开具发票。这种方式对开票方来说，操作简单，方便快捷。《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的通知》（国税发〔2006〕156号）第十三条规定：一般纳税人在开具专用发票当月，发生销货退回、开票有误等情形，收到退回的发票联、抵扣联符合作废条件的，按作废处理；开具时发现有误的，可即时作废。作废专用发票须在防伪税控系统中将相应的数据电文按“作废”处理，在纸质专用发票（含未打印的专用发票）各联次上注明“作废”字样，全联次留存。但是，税务机关对专用发票的作废条件规定相对严格，必须同时符合以下三个条件：收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月；销售方未
抄税并且未记账；购买方未认证或者认证结果为“
纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。
二、凭购买方出具的通知单开具红字专用发票后，重新开具发票。由于专用发票作废条件相对严格，一些纳税人发现开具发票错误后，往往是跨月了或已经抄税等，对于这种不能作废的发票而又需要重新开具发票的，销货方应先开具红字发票冲销原发票，再重新开具正确的专用发票。国税发〔2006〕156号第十四条规定：一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生
销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称申请单）。主管税务机关出具《开具红字增值税专用发票通知单》（以下简称通知单）的条件是申请单所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证，经认证结果或为“认证相符”，或为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”。有些已经开具的专用发票虽然未经购买方认证，也可以由购买方开具通知单，销售方凭据此重新开票。《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发〔2007〕18号）规定以下两种情况：
（一）因专用发票抵扣联、发票联均无法认证的。
（二）购买方所购货物不属于增值税扣税项目范围，取得的专用发票未经认证的，由购买方填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，主管税务机关审核后出具通知单。