1949年8月25日，仙游县解放，旧行政区划废除。1949年9月初，鲤湖乡、古邑乡、浔阳乡、榜头镇、城厢镇、善化镇、枫亭镇、兴安乡、凤顶乡、仁德乡、孝仁乡、城南乡、慈孝乡、香南乡、香北乡、木兰乡、兰溪乡等相继成立乡镇人民政府。同月，全县整编为9个区，乡镇人民政府改称区公所。第一区（城关），第二区（赖店），第三区（枫亭），第四区（盖尾），第五区（榜头），第六区（大济），第七区（度尾），第八区（社硎），第九区（香山）。共辖202个乡（街）。
1950年2月，九区驻地迁麦斜，并增设第十区古邑（游洋）。
1950年8月，增设第十一区（龙华），第十二区（园庄）。全县划为12个区，262个乡（街）。
1952年8月，增设第十三区（石马），第十四区（石苍），第十五区（西苑），全县共设十五个区，辖740个乡（街）。
1953年6月，第一区公所(城关区)成立区人民政府。枫亭街改称枫亭镇，隶属第三区公所。
1955年9月，撤销第一、第四、第十一区，全县编为1个镇（城关镇）12个区，辖236个乡（街），以驻地名称为区名。
1956年6月至1958年春，整编为城关、枫亭、郊尾、榜头、度尾、社硎、麦斜等7个区和城关镇，下辖89个乡（街）。
1958年4月，撤区并乡，全县编为25个乡（镇），下辖91个小乡（镇）。
1958年9月起，撤销乡（镇），成立人民公社，实行政社合一，将小乡改为生产大队。全县先后成立13个人民公社，辖240个生产大队，并先后成立仙游县溪口林场、综合农场、古洋农场、钟山农场等为县直国营农场。
1961年12月，将原13个人民公社，改编为18个人民公社管理委员会，辖318个生产大队，4197个生产队。
1964年6月，从城关人民公社划出6个街，成立城关镇，全县编为18个人民公社，1个镇，辖318个生产大队（街），4801个生产队（居民队）。
1983年1月，城关镇改为鲤城镇，城关公社改为城东公社。
1984年11月，改公社为乡（镇）人民政府，改生产大队为村（居）民委员会，改生产队为村（居）民小组。1985年，全县划为5个镇，14个乡，辖318个村（居）民委员会，4822个村（居）民小组。
1991年5月，社硎乡仙头村分为仙头、半岭两个村；赖店乡潘硎村分为潘硎、林田两个村。1992年底，枫亭镇辉煌村分为辉煌、沦溪两个村。
1992年11月，城东、大济、龙华、赖店、盖尾、游洋、钟山等7个乡改为镇。全县共有12个镇，辖17个居民委员会，233个村民委员会，3971个村（居）民小组；7个乡，辖71个村民委员会，851个村民小组。
2000年，仙游县辖13个镇、6个乡：鲤城镇、榜头镇、枫亭镇、郊尾镇、度尾镇、城东镇、大济镇、龙华镇、赖店镇、盖尾镇、钟山镇、游洋镇、园庄镇、西苑乡、凤山乡、石苍乡、社硎乡、书峰乡、象溪乡。
2002年9月，福建省人民政府（闽政文[2002]270号）批复同意仙游县调整部分行政区划： 撤销凤山乡，并入西苑乡，调整后西苑乡辖西苑、岭峰、广桥、前洋、西土乾、半岭、仙山、仙东、仙西、凤顶、凤山、前县、前溪、柳园、白岩、顶东湖16个村委会，乡人民政府驻西苑村。 撤销鲤城镇，设立鲤城街道。辖原鲤城镇的木兰、十字、洪桥、城内、南桥、仙糖6个居委会，以及原城东镇的坝垄、龙泉、玉井、来洋、蜚山、东门、万福、北宝峰、富洋9个村委会（其中坝垄、垄泉、东门、北宝峰4个村委会改为居委会）和大济镇的金井、白塔2个村委会，办事处驻洪桥居委会（原鲤城镇政府驻地）。 城东镇人民政府驻地从东门村迁移到仙安村，更名为鲤南镇，同时调整行政区域。调整后，鲤南镇辖原鲤城镇的柳坑居委会，原城东镇的仙安、霞苑、下楼、涵井4个村委会，以及原龙华镇的大坂、平原、象运、象林、象坂5个村委会和赖店镇的西埔、温泉、圣泉、玉田、玉塔、横塘、东山7个村委会。 郊尾镇的芹林、盖南和新窑3个村委会划归盖尾镇管辖。 2002年底，仙游县辖1街道12镇5乡。
2003年，仙游县辖1个街道、12个镇、5个乡：鲤城大街道、鲤南镇、榜头镇、枫亭镇、郊尾镇、度尾镇、大济镇、龙华镇、赖店镇、盖尾镇、钟山镇、游洋镇、园庄镇、西苑乡、石苍乡、社硎乡、书峰乡、象溪乡。
2008年12月31日，福建省政府《关于同意仙游县象溪乡更名为菜溪乡的批复》（闽政文[2008]448号）：经研究，同意仙游县象溪乡更名为仙游县菜溪乡。 仙游县野生动植物资源比较稳定。宋宝佑《仙溪志》记有植物71种，动物23种；明弘治《兴化府志》记有植物301种，动物234种；清乾隆《仙游县志》记有植物284种，动物82种。
仙游县现存的陆栖野生动物有两栖类、爬行类、鸟类、哺乳类等脊椎和无脊动物共计1200多种，淡水鱼类有65种，海洋鱼类多数是沿海岸性次级经济鱼类。 脊椎动物 两栖类：主要有黑眶蟾蜍、黑斑蛙、青蛙、豹蛙、沼蛙等2个目、30多种。 爬行类：主要有乌龟、平胸龟、眼斑水龟、海龟、玳瑁、鳖、壁虎、金环蛇、银环蛇、蟒蛇（琴蛇）、中国水蛇、竹叶青蛇、五步蛇、烙铁头蛇、火赤练蛇等3目、70多种。 鸟类：主要有鹰、猫头鹰、乌鸦、喜鹊、麻鹊、画眉、雁、斑鸠、八哥、鹧鸪、雉鸡、大山鹊、野鸡、野鸭、啄木鸟、鸽、燕鸳鸯、白胸苦恶鸟（田鸡）等22目、65科、计300多种。 哺乳类：主要有虎、豹、野猪、山羊、狼、獐、狐狸、貂、貉、鹿、山猫、灵猫、野兔、穿山甲、水獭、刺猬、松鼠、蝙蝠、野鼠、黄鼬等11目、31种。 无脊椎类 主要有软体、节肢及拟软体等无脊椎动物数百种。其中已鉴定的172种是：蟹、贝、藻等水生动物中，有软体动物88种，节肢动物33种，拟软体、环节动物13种。可供养殖且有经济价值的有青蟹、鲟、牡蛎、缢蛏、花蛤、泥蚶、扇贝等38种。
现属国家保护的珍贵野生动物有：属国家二级保护的有穿山甲、猕猴、水獭、鸳鸯等；属国家三级保护的有大灵猫、小灵猫、豹猫、青羊等。凤山的角怪属世界珍稀动物。 植被状况 仙游县南部属闽东南戴云山东湿暖亚热带雨林小区，北部属闽中东戴云山--鹫峰常绿槠类照叶林小区。由于仙游县地处南亚热带和中亚热带的交界处，境内地形复杂，北部为海拔500--1800米的中、低山区，南部大部在海拔500米以下的丘陵台地，气候、土壤、水流等自然条件明显差异，因而植物区和植被类型具有过渡性的特点，原生植被残存很少。而代之以次生阔叶林、针叶林和针阔混交林等。
据仙游县自然资源调查，仙游县主要植被有6个类型： 常绿阔叶林：由常绿阔叶树组成的森林群落，主要分布在石苍、游洋、象溪、西苑、凤山等乡镇的地势较为荫蔽，林地土壤较为良好的地带，以天然更新混交次生林为主。植物种类以壳斗科树占优势，混交乔木次之，还有常见的草木植物。 常绿针叶林：主要由裸子植物林木组成的森林群落。按乔木层的不同种，可分为杉木林、马尾松林、油杉林、柳杉林、福建柏林、黄山松林等。杉木林主要分布在北部山区，马尾松林分布最广，面积最大。油杉林主要分布在枫亭、园庄、社硎、榜头等乡镇。柳杉林主要分布在溪口林场及凤山、游洋等地。 针阔混交林：多为马尾松与相思树混交林，主要分布在枫亭、园庄、郊尾、盖尾、榜头等地，一般呈小块状分布。 竹林：多为毛竹林，主要分布在北部山区的游洋、石苍、象溪、社硎、凤山、西苑、度尾等地。中南部多为麻竹林、青皮竹林，生长在溪流两岸及房前屋后。 灌木丛林：因森林长期过伐及火烧退化而成，主要分布在溪流两旁险峻陡坡上，常见有矮化的青冈林、石栎、石楠等灌木。 荒山草坡：在1000米海拔以上的山顶部，风大气冷，土壤瘠薄，水湿条件差，只生长杜鹃花科、禾本科、沙草科等草木植物。还有低山丘陵的次生荒草坡，属于森林毁坏后的过渡类型。 野生植物 宋宝佑《仙溪志》记有植物71种；明弘治《兴化府志》记有植物301种；清乾隆《仙游县志》记有植物284种。
全县植物品种总计有171科，共2876种。其中，藻菌类11科，43属，计划性92种苔藓类4科，5属，计28种；蕨类15科，23属，125种；裸子植物类7科，8属，计81种；孢子植物134科，250属，计2350种。列为国际性国家级保护的珍贵植物有26种。其中，属国家一级保护的有水杉；属国家二级保护的有银杏（分布社硎、菜溪等地）、水松（分布仙游山、麦斜、五湖等地）、福建柏、胡桃、格木、杜仲、金钱松、楠木、铁刀木、云南石梓、红豆杉、山腊梅、青梅、巴戟、荔枝、小勾儿茶、异形玉叶金花等17种；属国家三级保护的有油杉（分布梧椿、潭边等地）、天竺桂、木荚红豆树、黄杞、厚朴、闹阳花、龙眼等8种。 溪流 仙游县溪流蜿蜒曲折、短小、湍急，落差大，易涨易退，属山地性溪流。历史上，境内通航小木船，从会仙（鲤城）至俞潭（今盖尾仙潭），水程30公里。水力资源蕴藏量为26万千瓦，可供开发利用的有200多处，全部开发利用后，装机容量可达17.43万千瓦，年发电量可达6.52亿千瓦时。绝大多数溪流发源于境内，合流或分流出境，分属木兰溪、大樟溪、枫慈溪、晋江东溪、沧溪等五条溪，其中，主要属木兰溪水系。 地表水资源 仙游县地表水资源总量约18.55亿立方米，平均每平方公里集雨面积产水量101.85万立方米，人均水量2027.8立方米，亩均水量5260.9万立方米，低于中国、福建省平均水平。
地表水资源在空间分布上的总体情况由北部山区向东南部递减。每平方公里集雨面积产水量，以北部凤山、西苑、社硎、象溪、石苍、游洋、钟山等最多，南部盖尾、郊尾、枫亭、园庄等最少，中部大济、城关、龙华、赖店、榜头等略少。人均与亩均水资源，以凤山、西苑最多，榜头、郊尾最少。 水力资源 仙游县水力资源主要分布在木兰溪、延寿溪、九溪、粗溪等溪流，流域面积在1000平方公里的1条，100平方公里以上的有5条，流域雨量充沛，溪床坡降较大，水流湍急，利于发电。据勘测，全县水能理论蕴藏量为26万千瓦，其中木兰溪11.72万千瓦，延寿溪1.08千瓦，九溪7.1万千瓦，粗溪3.9万千瓦，枫慈溪0.8万千瓦。可供开发的水力发电站近200处，总装机容量17.43万千瓦，其中木兰溪7.81万千瓦，延寿溪0.65万千瓦，九溪5.61万千瓦，粗溪2.58万千 瓦，枫慈溪0.1万千瓦，其他溪流0.669万千瓦。
