截至2013年12月底，学院共有14所附属医院，其中9所综合性医院、5所专科性附属医院。
医学院系统共有74个国家重点临床专科，数量占上海市国家级临床重点专科总数的54%；有39个专病诊治中心，其中30个专科被卫生部确定为国家临床重点专科建设项目，占比69.8%。
2013年，各附属医院门急诊人次达2647.36万，开放床位数15715张，出院人次67.61万，住院手术人次44.13万。与上海长宁区政府、奉贤区政府、苏州工业园区等签订了合作共建协议，多维推进地区医疗发展。与上海市疾病预防控制中心等单位建立实质性合作，推动公共卫生学科建设和发展。 瑞金医院 仁济医院 苏州九龙医院新华医院 第九人民医院 上海儿童医学中心上海市第一人民医院 上海市第六人民医院 上海市胸科医院第三人民医院 上海市儿童医院 国际和平妇幼保健院上海市精神卫生中心
设计含义：上海交通大学医学院标志LOGO设计采用蓝色为主要基调，蓝色一直都是学校标志所常用的色彩，象征着智慧、沉着、理智等含义，与学校的教育形象吻合。
标志设计中间为象征医神的蛇杖，下方为“JAT”三字母，J是指Saint John（圣约翰大学），A是指Aurora University （震旦大学），T是指同德医学院，上海交通大学医学院是由圣约翰大学医学院、震旦大学医学院、同德医学院于1952年院校重组时合并而成，以“JAT”三字母以示纪念。
标志中间内外层采用，齿轮半截形图案和流线型图线相互交融合成，寓意，医学院前身上海第二医科大学、上海交通大学的合并。
标志设计外圈采用半圆结合名字中英文的形式展现出来，易于识别和交流。
医学象征——蛇杖
世界上的医学标帜有两大系统：一种源自於希腊神话中的神使赫密斯/马克里之魔杖的双蛇缠杖；另一种是以罗马神话中之医神亚希彼斯之主要表征的单蛇缠杖。
两者皆隐含了「性」的含义，表示疗疾养伤之根本来自於创造生命的神奇力量。
亚希彼斯（Asclepius，拉丁语为aesculapius）是罗马神话的医疗之神，他的形象是拿著一支灵蛇缠绕的木棒，含义为：蛇每年都蜕皮，向来被认为是恢复和更新的过程；木棒代表著人体的脊椎骨，亦是中脉所在位置，代表著灵量沿著中脉升起时，作双螺旋状向上推进的活动；这种双螺旋（double helix）形态，与人体遗传基因的 DNA分子结构形态极为相似。
传统上的看法认为单蛇之杖才是正统的医学标帜。 “博极医源、精勤不倦”
“博极医源、精勤不倦”出自中国唐朝孙思邈所著的《大医精诚》，要求医者要有精湛的医术，认为医道是“至精至微之事”，学习医学的人必须要对医学的来源和以后发展方向要有足够的了解，要往医学深度和广度发展，学习好勤，要仔细，不得丝毫懈怠。
