近岸海域环境功能区的管理遵循严格的标准以保护海洋环境。第七条明确，各类近岸海域根据其功能区类别执行相应的国家海水水质标准。一类区域需执行一类海水水质标准，二类区域至少执行二类标准，三类和四类则需不低于各自类别的最低标准。省级环保部门有权制定地方补充标准，对于未在国家标准中规定的项目，可组织拟定并经政府批准发布。
对于污染物排放，第八条指出，沿海地区环保部门针对国家标准未覆盖的项目，可以制定地方排放标准，甚至对已规定项目提出更严格的要求。这些标准须报国务院环保部门备案，并在已有地方排放标准的区域执行。
混合区的设立针对入海河流河口等特殊区域，需科学论证水质影响。在一类和二类近岸海域，禁止建设污染环境和破坏景观的海岸工程。红树林和珊瑚礁的保护尤为重要，所有相关活动需严格遵守相关条例，禁止建设危害保护区的项目和增设排污口。
排放陆源污染物必须遵守海洋环保法规和排放标准，超标排放的单位需限时治理。重大污染事故的单位和个人需制定应急计划。环保部门有权现场检查和统计近岸海域环境状况，并公开考核结果。
防治船舶、海洋石油开发和废弃物倾倒的环境保护工作由特定部门负责。违反本管理办法的行为，环保部门将依据相关法规进行处罚。
国家环境保护总局令 第 8 号，于1999年11月10日经国家环境保护总局局务会议原则通过，一九九九年十二月十日公布施行。为保护和改善近岸海域生态环境，执行《中华人民共和国海水水质标准》，规范近岸海域环境功能区的划定工作，加强对近岸海域环境功能区的管理，制定本办法。全文共四章二十条。