巫蛊之祸中只有汉武帝才是胜利者。因为“巫蛊之祸”是汉武帝用来铲除异己的手段，该手段又被朝廷中小人江充利用，伤及无辜，江充本人也未能幸免，但这一切对当权者汉武帝来说毫无影响。
汉武帝晚年日渐昏聩，之前的雄才大略都被酒色消磨掉了。后宫妃子为争宠争相尝试用巫术来邀宠，挽留帝心。巫蛊之术在后宫暗中蔓延开来。公元前92年，巫蛊之祸初露端倪。起因是汉武帝在宫中看见一名可疑之人，但侍卫未将其擒获。此时汉武帝疑心很重，因此对此事耿耿于怀，怀疑有人潜在宫中欲行刺君王。
后官府逮捕的一名罪犯揭发丞相公孙贺之子公孙敬声私通阳石公主，并采用巫蛊之术诅咒汉武帝。此事经调查核实罪名属实，汉武帝大怒，公孙贺父子都被下狱治罪，连阳石公主、诸邑公主等人赐死。
此案原本已了结，但没料到被别有用心的小人利用，最终引发巫蛊之祸爆发，甚至牵涉到当朝太子和皇后，在朝堂上引发了一场政治风暴。此小人就是汉武帝身边的宠臣江充。江充借查处巫蛊之术，到处逮捕构陷与他政见不和的官吏，大批官吏因此而丧命。
江充因与太子刘据有间隙，便借巫蛊之术构陷太子，命人从太子宫中搜出大量写有咒语的木头人，准备借机扳倒太子。太子刘据知道消息后，非常焦虑恐惧，此时汉武帝移驾甘泉宫修养，担心汉武帝在不明情况之下听信小人谗言，根本无法澄清自己的冤屈。慌乱之中听从谋臣建议，调动兵马逮捕江充并将其诛杀。此时宫中已经大乱，谣言四起，纷纷议论“太子造反”，远在甘泉宫的汉武帝也得知消息，发兵平叛。太子刘据见箭在弦上，率兵与汉武帝派来的军队展开血战，最后太子兵败逃走，在逃往途中被杀，其母卫皇后受到牵连被赐死。
公元前90年，汉武帝幡然醒悟，认识到太子冤死，将懊恨之情发泄在小人江充身上，将其满门抄斩。因此，巫蛊之祸牵涉甚广，导致血流成河、储君冤死、动摇国本，但对汉武帝来说，只要没有危及其皇权，也就可以忽略了。