柑橘果实采收后的主要病害包括蒂腐病、黑腐病以及青霉病、绿霉病和酸腐病。在雨季以后采收的柑橘可能有较严重的褐腐病。
防治柑橘采收后病害的基本策略是：①抑制蒂腐病菌的潜伏侵染和果皮上褐蒂病菌初始侵染的发展；②使附在新伤口上的病原菌孢子失活；③保护果皮免于受到杀菌剂处理后的伤害出现新的侵染；④抑制腐烂果实表面的青绿霉菌的孢子形成和多种采后病害的接触传播。
目前国内外用于防治柑橘采收后病害的杀菌剂主要有苯胼咪唑类杀菌剂，包括苯菌灵、涕必灵、多菌灵、托布津和邻苯酚钠，谷种定（双胍盐）、联苯、伊迈唑以及植物生长调节物质2，4-D。
邻苯酚钠是较早用于柑橘的采后杀菌剂，对病原菌有广谱抗性，但除了受伤部位外不能透过果实表面。果实处理以后要用水清洗，因为它可能引起药害和残留过多。典型的处理方法是将果实浸泡在2%邻苯酚钠，1%乌洛托品的溶液中2分钟，溶液的pH为11.5～11.7。处理后的果实马上用清水漂洗。联苯对青绿霉和其他类型果腐病原菌有抑菌作用。用联苯浸渍包果纸包果，或将浸渍过联苯的纸片放在果实包装箱的底部或上面，联苯散发于果实周围的空气中，抑制了腐烂果上青绿霉的孢子形成和病害扩散。只是这一处理在防止青绿霉菌和蒂腐菌的侵染效果上较差。联苯包装通常只是一种辅助性处理，虽然在运输中广泛使用，但也受到残留过多和有不良气味的困扰。
20世纪60年代后期，苯胼咪唑类杀菌剂—苯菌灵、涕必灵、多菌灵和托布津的引进是使用采后杀菌剂控制柑橘病害的发展史上的一块里程碑。这类杀菌剂在非常低的浓度下就有很强的广谱抗真菌活性。但对根霉、交链孢霉、白地霉和软腐细菌则无活性。这些杀菌剂不但对控制青绿霉对伤口的侵染高度有效，而且具有内吸活性，能限制休眠于果蒂处的蒂腐病菌的发展。同时，在果实受伤或接种前被处理时，它们就为果实提供了很好的保护作用。在高剂量时，苯胼咪唑类杀菌剂在果面产生一保护性障碍层抑制腐烂果实上青绿霉孢子的形成，从而又有可能代替联苯处理控制果实的污染。柑橘果实一般用浓度为0.05%～0.1%的苯胼咪唑类杀菌剂悬浮液浸泡30秒钟以保证杀菌剂与受伤部分接触。这类杀菌剂都是长效杀菌剂，可以控制柑橘采后腐烂6个月以上。中国在20世纪70年代初开始引进这类杀菌剂进行柑橘防腐保鲜试验，现在已广泛推广使用。这类杀菌剂使用的一个严重问题就是容易引起青绿霉菌对杀菌剂的抗药性问题。抗药性病原菌的出现使得杀菌剂的药效下降，不得不寻找其他杀菌剂来代替。防止抗药性出现的综合措施主要有2个方面：①搞好环境卫生和抑制孢子形成，使病原菌孢子数量降至低水平；②管理好杀菌剂，抑制抗药性病原菌在群体中增殖。贮藏前使用的杀菌剂应不是贮藏后运输前使用的同种或同一类的杀菌剂，以避免贮后处理失效。
伊迈唑是20世纪70年代开发的一种杀菌剂，现在欧美一些国家已在商业上应用于柑橘采后防腐。对于柑橘果实青绿霉和蒂腐病控制效果很好，对酸腐病和黑腐病也有一定的控制效果，特别对于抗苯胼咪唑的青绿霉一样有效。20世纪80年代伊迈唑在中国进行柑橘防腐保鲜试验，证明伊迈唑能控制由抗苯胼咪唑青绿霉引起的腐烂，较大规模的推广应用都取得了良好的防腐效果。
对于由白地霉引起的柑橘酸腐病，目前只有谷种定有较好的控制效果，试验证明谷种定与多菌灵或其他苯胼咪唑类杀菌剂混合使用，既能防治酸腐病，又能防治青绿霉和蒂腐病等柑橘采后病害。