日本人的名字多为四个字和三个字，大部分的情况下，前两个字
是姓，后面的字是名字，排列习惯和中国是一样的。
至于你说这种叫法其实和英文中是一样的，比如说：大卫.贝克汉姆。关系好的人一般都会叫大卫（名）。
在日本直接叫别人名的情况一般有以下几种：
1父母
2亲戚
3长辈
4恋人
其他情况下一般称呼姓。
又或者加ちゃ来称呼，叫好像
灰原哀，博士一般叫她 哀ちゃん。就好像中文中叫
小哀的那种感觉。
这个不难理解的，好好想想就明白了，和中文相似。
★★问题补充：
元太他们与柯楠叫
吉田步美为步美，好像没叫过吉田，但有时叫灰原为小哀有时却叫灰原，更多的时候叫灰原，怎么这么乱呢？ 同样是同学关系呀？应不会是翻译的问题吧？
元太
柯南他们及哦啊步美的时候就是我上面说的那样叫的是：歩美ちゃん
这个名字后面加ちゃん就是小步美那种感觉，这种叫法是同学之间，或者是男孩叫女孩时的叫法，一般情况下表示一种亲密和爱护。如果不加ちゃん，而直接叫名字的话，那就是
1父母
2亲戚
3长辈
4恋人
这几种情况才可以教。
但这情况在小哀身上的时候，她这个人不是那种像步美那种可爱的小女孩，而是比较大人性格，这种情况下一般日本人不会叫小哀（あいちゃん）的，而是叫名字
吉原さん。
总的来说怎么叫主要是看两个人的亲密程度和上下关系这两大方面。