个人认为，看质粒图谱，
1，该质粒的用途：筛选，扩增，表达，还是报告？用一种低拷贝数的质粒来扩增目的片段显然不如高拷贝的质粒效率高；
2，质粒的宿主：原核质粒？酵母质粒？真核细胞质粒？
3，使用有无特殊要求：抗性，营养缺陷？
4，关键是研究：多克隆位点，上下游的限制酶位点是否合适，对于你要插入的目的片段，是否有高效、经济的酶切位点；启动子是什么诱导机制？起始密码子和终止子的位置？如果插入你的目的片段，是否会移码或提前终止？
5，如果你选用的是比较冷僻的限制酶，在多克隆位点外是否有该酶的酶切位点；
6. 标签蛋白序列或报告基因序列在插入片段的上游还是下游？对后续实验有无影响？
祝好！
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