在甲午中日战争时期，日本人就十分擅长使用间谍和特工。在甲午中日战争开战前，一些日本人潜入清朝搜集军事情报，据说日本军队使用的辽东地区地图，比清朝军队使用的地图还要精确。到了二战时期，日本更是成立了专门的特工组织，特高课，梅机关，兰机关、竹机关，菊机关等都是日本特工组织的称号。
在这几个间谍组织中，最著名的就是特高课，特高课的全称是特别高等警察课。特高课最初成立的时候，主要用来监视日本国内的反政府势力。到了二战爆发的时候，特高课人员被派遣到日本的各个领事馆的警察署中，成为了抗战中日本最重要的间谍组织。特高课的5个任务分别是：1监视日战区中国人的思想动态、2搜集日战区的各种情报、3破坏日战区的抗日地下组织、4监视伪军的动态、5策反和诱降抗战武装。特高课在日本特务机关中地位较高，遍布全国的各个日战区。汪伪政权的76号首领李士群，就因为得罪日本人，被特高课毒死。
除了特高课之外，日本军方还有梅兰竹菊四大机关。梅机关设置在上海地区，主要管理华中一带的日本特务，因为华中一带是汪伪政权的统治核心，因此梅机关在四大机关中的地位最重要，他们实际上充当了汪伪政权的太上皇角色，监督和清理汪伪政权中不听话的人。兰机关的任务是诱降白崇禧和李宗仁等西南军阀，让他们同蒋介石内斗。由于李宗仁和白崇禧抗战立场坚定，兰机关一直没有取得成功，据说兰机关内部的特工还被李宗仁成功策反，反而透漏了不少日本的军事机密。
竹机关是土肥原贤二领导的另一个特务机构，他们主要负责拉拢军阀混战时期下台的政治要员，诱骗他们组成一个新的政府。像段汝耕和齐燮元等失意军阀就没有经受住日本人的威逼利诱，做了日本人的走狗。不过竹机关建立新的北方政府的目的并没有达到，直系军阀领袖吴佩孚坚持民族气节，后来被日本牙医特务杀害，在北方建立伪政权的事情最终没能成功。菊机关是日本在福建设立的特务机关，主要负责华南地区的特务事宜，二战期间诱降了黄大伟等多名地方实权派军人。
