清廷令吴三桂镇守云南时，吴三桂是没机会带走吴应熊，而不是他真的想把吴应熊留在京城。从当时吴三桂和清廷双方的关系来看，吴应熊留在京城才是最合适的。只有这样吴三桂才可能获得清廷的信任，清廷也才会对吴三桂少点顾忌。
1644年，李自成的大顺军逼近京城时，崇祯帝诏天下各路兵马进京勤王。吴三桂也是进京勤王的一路兵马，不过当吴三桂行至唐山一带时，传来了崇祯帝自缢的消息。各方局势一下子变的复杂微妙，吴三桂也开始四处投机，寻找新主倚靠。
最终吴三桂选择了降清，而他手里的兵马仍归自己掌管。这时候清廷和吴三桂的关系也很微妙，清廷表面上对吴三桂表现的很恩宠，骨子里却对吴三桂存有疑忌，多有防范，并无授予他实质性的事权。
另一方面，清廷利用吴三桂的兵力去剿灭李自成的大顺军以及西南一代的张献忠势力。此外，吴三桂对西北等一些地方的反清势力以及朱明后裔也是大开杀戒。吴三桂这么做是为了获取清廷的信任。顺治十六年（1659年），吴三桂打下云南，随即就被清廷委以镇守云南。
也就是说吴三桂真正开始镇守云南是从1659年开始的。而其子吴应熊早在1653年就已经和皇太极的女儿建宁公主成婚，并且一直留在京城。多尔衮和孝庄皇后之所以让吴三桂之子吴应熊与建宁公主成婚，意图很明显，说白了就是以吴应熊作为人质来防着吴三桂。吴三桂是明朝的降将，清廷派他领兵出征，必须防着他突然倒戈相向。所以尽管清廷给予吴应熊很多头衔，但吴应熊本质上就是一颗棋子，一个人质而已。和吴应熊一起充当人质的还有他的几个儿女。
1673年，吴三桂起兵反清前曾派遣使者进京设法带回吴应熊。但吴应熊并没有逃离京城，仅仅是让使者秘密把自己的长子吴世璠带回云南。吴应熊之所以不离开京城，其实是在成全吴三桂的反清大计。因为一旦吴应熊逃离京城，清廷就会察觉到西南吴三桂或有异常，这不利于吴三桂反清。而吴应熊选择留在京城，在一定意义上可以麻痹清廷的知觉，这有利于吴三桂暗中起兵反清。