穆棱以穆棱河得名。穆棱境域，远古时期乃
肃慎居地。东汉以后，为肃慎的后裔挹娄，北朝的勿吉疆域，唐朝渤海时期为牧马场。穆棱市近代开发始于
清同治二年（1863 ），
宣统元年（1909 年）建置穆棱县，1946 年2月1日成立穆棱县民主政府，1954 年2月23日穆棱县人民委员会成立，1967年4月21日组成穆棱县革命委员会，1980年9月29 日恢复穆棱县人民政府建制。1995年4月8日根据国家
民政部民行批〔1995〕18号和黑龙江省民政厅民行地〔1995〕33号文件精神，撤消穆棱县，正式设立穆棱市，穆棱市人民政府成立。
清代属宁古塔副都统辖区。
光绪初年试办屯田，宁古塔至三岔口驿道开通后，垦民渐集，兴建屯落。1903年1月11日（清光绪二十八年十二月十三日），清廷批准，设置穆棱河分防知事，隶属绥芬厅。1909年 6月2日（清宣统元年四月十五日），清廷批准，将穆棱河分防知事所辖地方改设穆棱县，治所驻上城子（今兴源镇）。1910年1月2日（清宣统元年十一月二十一日），民政司“札开” ，委官试署穆棱县。同年4月17日（清宣统二年三月初八日），知县王荣昌“到任视事”。隶属吉林省东南路道管辖。
中华民国成立后，穆棱县仍隶属吉林省东南路道，1914年6月改隶依兰道。1929年2月，撤销道区后，由吉林省直辖。1930年4月26日，县址迁至八面通镇。时为三等县，全县总人口4．4万余人。东北沦陷后，初隶吉林省，1934年12月划归滨江省，1937 年7月划归新设之牡丹江省管辖。1938年10月，县址迁至穆棱街（今穆棱镇）。1939年6月1日，将细鳞河、太平岭和黑老婆沟、小穆河、龙山等地划归新设置的
绥阳县和林口县。1943年 10月后，先后隶属东满总省、东满省管辖。